Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC35.4■■■■□ 3.26
RNF40O75150 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC35.24■■■■□ 3.23
RNF40O75150 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC34.77■■■■□ 3.16
RNF40O75150 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
RNF40O75150 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
RNF40O75150 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC34.28■■■■□ 3.08
RNF40O75150 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
RNF40O75150 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
RNF40O75150 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
RNF40O75150 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
RNF40O75150 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
RNF40O75150 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
RNF40O75150 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
RNF40O75150 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
RNF40O75150 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.35■■■□□ 2.93
RNF40O75150 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.93
RNF40O75150 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
RNF40O75150 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
RNF40O75150 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
RNF40O75150 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
RNF40O75150 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
RNF40O75150 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
RNF40O75150 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
RNF40O75150 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC33.05■■■□□ 2.88
RNF40O75150 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
RNF40O75150 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
RNF40O75150 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
RNF40O75150 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
RNF40O75150 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
RNF40O75150 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
RNF40O75150 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
RNF40O75150 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
RNF40O75150 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
RNF40O75150 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
RNF40O75150 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
RNF40O75150 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
RNF40O75150 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
RNF40O75150 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
RNF40O75150 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
RNF40O75150 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC32.22■■■□□ 2.75
RNF40O75150 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
RNF40O75150 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
RNF40O75150 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
RNF40O75150 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
RNF40O75150 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
RNF40O75150 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
RNF40O75150 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
RNF40O75150 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.71
RNF40O75150 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
RNF40O75150 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
RNF40O75150 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
RNF40O75150 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
RNF40O75150 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
RNF40O75150 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
RNF40O75150 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
RNF40O75150 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
RNF40O75150 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
RNF40O75150 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC31.62■■■□□ 2.65
RNF40O75150 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC31.6■■■□□ 2.65
RNF40O75150 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
RNF40O75150 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
RNF40O75150 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC31.52■■■□□ 2.64
RNF40O75150 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC31.51■■■□□ 2.63
RNF40O75150 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
RNF40O75150 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
RNF40O75150 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
RNF40O75150 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
RNF40O75150 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
RNF40O75150 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
RNF40O75150 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
RNF40O75150 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
RNF40O75150 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
RNF40O75150 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
RNF40O75150 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
RNF40O75150 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC31.17■■■□□ 2.58
RNF40O75150 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
RNF40O75150 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
RNF40O75150 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
RNF40O75150 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
RNF40O75150 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
RNF40O75150 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
RNF40O75150 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
RNF40O75150 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
RNF40O75150 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
RNF40O75150 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
RNF40O75150 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.54
RNF40O75150 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
RNF40O75150 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
RNF40O75150 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
RNF40O75150 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
RNF40O75150 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
RNF40O75150 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
RNF40O75150 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC30.79■■■□□ 2.52
RNF40O75150 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
RNF40O75150 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
RNF40O75150 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
RNF40O75150 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.5
RNF40O75150 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.5
RNF40O75150 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
RNF40O75150 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms