Protein–RNA interactions for Protein: Q96A99

PTX4, Pentraxin-4, humanhuman

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTX4Q96A99 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTX4Q96A99 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTX4Q96A99 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.23
PTX4Q96A99 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
PTX4Q96A99 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTX4Q96A99 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTX4Q96A99 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTX4Q96A99 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms