Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
LIG1P18858 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
LIG1P18858 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
LIG1P18858 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
LIG1P18858 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
LIG1P18858 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
LIG1P18858 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
LIG1P18858 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
LIG1P18858 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
LIG1P18858 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIG1P18858 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIG1P18858 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIG1P18858 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIG1P18858 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIG1P18858 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIG1P18858 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIG1P18858 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
LIG1P18858 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
LIG1P18858 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
LIG1P18858 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
LIG1P18858 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
LIG1P18858 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
LIG1P18858 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
LIG1P18858 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
LIG1P18858 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
LIG1P18858 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
LIG1P18858 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
LIG1P18858 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
LIG1P18858 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
LIG1P18858 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
LIG1P18858 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIG1P18858 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIG1P18858 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIG1P18858 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
LIG1P18858 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
LIG1P18858 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
LIG1P18858 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
LIG1P18858 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.46
LIG1P18858 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC30.45■■■□□ 2.46
LIG1P18858 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIG1P18858 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIG1P18858 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIG1P18858 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
LIG1P18858 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
LIG1P18858 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
LIG1P18858 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
LIG1P18858 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
LIG1P18858 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC30.4■■■□□ 2.46
LIG1P18858 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
LIG1P18858 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
LIG1P18858 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC30.39■■■□□ 2.46
LIG1P18858 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
LIG1P18858 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIG1P18858 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIG1P18858 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIG1P18858 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIG1P18858 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIG1P18858 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIG1P18858 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
LIG1P18858 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
LIG1P18858 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
LIG1P18858 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
LIG1P18858 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
LIG1P18858 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIG1P18858 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
LIG1P18858 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
LIG1P18858 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
LIG1P18858 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
LIG1P18858 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
LIG1P18858 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
LIG1P18858 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
LIG1P18858 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
LIG1P18858 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
LIG1P18858 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
LIG1P18858 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
LIG1P18858 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
LIG1P18858 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
LIG1P18858 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
LIG1P18858 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
LIG1P18858 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
LIG1P18858 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
LIG1P18858 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
LIG1P18858 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
LIG1P18858 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
LIG1P18858 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
LIG1P18858 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
LIG1P18858 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
LIG1P18858 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
LIG1P18858 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
LIG1P18858 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
LIG1P18858 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
LIG1P18858 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
LIG1P18858 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
LIG1P18858 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
LIG1P18858 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC30.19■■■□□ 2.42
LIG1P18858 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
LIG1P18858 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
LIG1P18858 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
LIG1P18858 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
LIG1P18858 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms