Protein–RNA interactions for Protein: Q969G3

SMARCE1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1, humanhuman

Predictions only

Length 411 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCE1Q969G3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
SMARCE1Q969G3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SMARCE1Q969G3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SMARCE1Q969G3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
SMARCE1Q969G3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
SMARCE1Q969G3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC30.45■■■□□ 2.46
SMARCE1Q969G3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SMARCE1Q969G3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SMARCE1Q969G3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
SMARCE1Q969G3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
SMARCE1Q969G3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SMARCE1Q969G3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SMARCE1Q969G3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
SMARCE1Q969G3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
SMARCE1Q969G3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
SMARCE1Q969G3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SMARCE1Q969G3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SMARCE1Q969G3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SMARCE1Q969G3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SMARCE1Q969G3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCE1Q969G3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
SMARCE1Q969G3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
SMARCE1Q969G3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SMARCE1Q969G3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SMARCE1Q969G3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms