Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC112Q8NEF3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC112Q8NEF3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC112Q8NEF3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC112Q8NEF3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC112Q8NEF3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC112Q8NEF3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC112Q8NEF3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC112Q8NEF3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC112Q8NEF3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC112Q8NEF3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC112Q8NEF3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC112Q8NEF3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC112Q8NEF3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC112Q8NEF3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC112Q8NEF3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC112Q8NEF3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC112Q8NEF3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.8 ms