Protein–RNA interactions for Protein: Q01581

HMGCS1, Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, cytoplasmic, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGCS1Q01581 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGCS1Q01581 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HMGCS1Q01581 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGCS1Q01581 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGCS1Q01581 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGCS1Q01581 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGCS1Q01581 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
HMGCS1Q01581 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HMGCS1Q01581 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
HMGCS1Q01581 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HMGCS1Q01581 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HMGCS1Q01581 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
HMGCS1Q01581 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
HMGCS1Q01581 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms