Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 AKAP1-206ENST00000571629 3105 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.68□□□□□ -0.71e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AKAP1-212ENST00000573326 1580 ntTSL 510.61□□□□□ -0.711e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AKAP1-219ENST00000621116 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.57□□□□□ -0.721e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PRKAR1A-201ENST00000358598 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.81e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AKAP1-204ENST00000539273 3153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.58□□□□□ -0.881e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AKAP1-203ENST00000481416 4089 ntTSL 59.31□□□□□ -0.921e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SNHG14-226ENST00000640631 13074 ntTSL 5 BASIC8.65□□□□□ -1.021e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AC007780.1-201ENST00000590353 719 ntTSL 48.46□□□□□ -1.061e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PRKAR1A-211ENST00000586397 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.05□□□□□ -1.121e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PRKAR1A-214ENST00000588188 1209 ntTSL 3 BASIC7.92□□□□□ -1.141e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PRKAR1A-210ENST00000585981 995 ntTSL 57.58□□□□□ -1.21e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 HSD17B11-205ENST00000508413 563 ntTSL 57.26□□□□□ -1.251e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 HSD17B11-203ENST00000507286 851 ntTSL 5 BASIC7.04□□□□□ -1.281e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PRKAR1A-202ENST00000392710 3551 ntTSL 26.48□□□□□ -1.371e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PRKAR1A-204ENST00000536854 3697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.2□□□□□ -1.421e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PRKAR1A-213ENST00000588178 583 ntTSL 44.78□□□□□ -1.641e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 HSD17B11-201ENST00000358290 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.46□□□□□ -1.71e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 NAP1L1-224ENST00000552056 1981 ntTSL 52.38□□□□□ -2.031e-7■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.033e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.073e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SLC6A8-207ENST00000466243 544 ntTSL 212.63□□□□□ -0.393e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.39e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.259e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AXIN2-206ENST00000580513 1060 ntTSL 222.54■■□□□ 1.29e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SRPK1-210ENST00000508473 858 ntTSL 222.26■■□□□ 1.159e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.139e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PPM1B-203ENST00000378540 1703 ntTSL 221.17■□□□□ 0.989e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-212ENST00000580322 1558 ntTSL 520.75■□□□□ 0.919e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-207ENST00000461195 787 ntTSL 220.71■□□□□ 0.919e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-204ENST00000422344 631 ntTSL 320.23■□□□□ 0.839e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.839e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.89e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PPM1B-208ENST00000419807 2084 ntTSL 519.94■□□□□ 0.789e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ORC6-207ENST00000569239 1833 ntTSL 219.84■□□□□ 0.779e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-224ENST00000584557 2000 nt19.81■□□□□ 0.769e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-203ENST00000394925 702 ntTSL 219.77■□□□□ 0.769e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.699e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AXIN2-207ENST00000585045 1034 ntTSL 218.68■□□□□ 0.589e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.529e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.519e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-216ENST00000586813 789 ntTSL 318.04■□□□□ 0.489e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PPM1B-207ENST00000409486 1481 ntTSL 1 (best)17.62■□□□□ 0.419e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-213ENST00000580484 686 ntTSL 317.52■□□□□ 0.49e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.379e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-211ENST00000568563 1977 ntTSL 516.95■□□□□ 0.39e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-207ENST00000563918 798 ntTSL 216.46■□□□□ 0.239e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CLPX-203ENST00000558958 1493 ntTSL 1 (best)16.42■□□□□ 0.229e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.199e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ORC6-202ENST00000563306 1190 ntTSL 216.07■□□□□ 0.169e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AXIN2-204ENST00000577278 976 ntTSL 515.88■□□□□ 0.139e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-201ENST00000293208 1272 ntTSL 515.79■□□□□ 0.129e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ORC6-208ENST00000570260 561 ntTSL 215.51■□□□□ 0.079e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 BCAR1-212ENST00000563038 2692 ntTSL 1 (best)15.35■□□□□ 0.059e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AXIN2-203ENST00000544103 621 ntTSL 315.12■□□□□ 0.019e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-221ENST00000583536 1000 ntTSL 315.09■□□□□ 0.019e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TTYH3-206ENST00000477439 731 ntTSL 214.97□□□□□ -0.019e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SRPK1-201ENST00000346162 4762 ntTSL 214.89□□□□□ -0.039e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.039e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.049e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.059e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CCDC85C-206ENST00000557576 656 ntTSL 214.75□□□□□ -0.059e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-203ENST00000561679 2824 ntTSL 214.52□□□□□ -0.099e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ZXDC-204ENST00000515545 2635 ntTSL 1 (best)14.48□□□□□ -0.099e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.119e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.129e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.139e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TMEM55B-207ENST00000557041 3453 ntTSL 214.17□□□□□ -0.149e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.17□□□□□ -0.149e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-212ENST00000570009 680 ntTSL 414.17□□□□□ -0.149e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ORC6-203ENST00000563599 681 ntTSL 514.03□□□□□ -0.169e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 C2orf48-202ENST00000619640 480 ntTSL 1 (best)13.89□□□□□ -0.199e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-212ENST00000498540 748 ntTSL 313.77□□□□□ -0.219e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.239e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-217ENST00000582022 2409 ntTSL 1 (best)13.53□□□□□ -0.249e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-202ENST00000561621 3500 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.259e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-205ENST00000563831 836 ntTSL 413.47□□□□□ -0.259e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC13.25□□□□□ -0.299e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CDT1-201ENST00000301019 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.339e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 ORC6-201ENST00000219097 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.339e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-201ENST00000290881 3550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.349e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 GBF1-201ENST00000369983 6403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.349e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-215ENST00000584944 825 ntTSL 212.69□□□□□ -0.389e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-210ENST00000475329 544 ntTSL 312.53□□□□□ -0.49e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 KIAA0895L-209ENST00000564835 592 ntTSL 1 (best)12.44□□□□□ -0.429e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-202ENST00000355423 2439 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.439e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-220ENST00000583329 998 ntTSL 312.33□□□□□ -0.449e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CLPX-201ENST00000300107 4695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.459e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-225ENST00000584667 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.13□□□□□ -0.479e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-207ENST00000578756 652 ntTSL 212.07□□□□□ -0.489e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 MSH6-215ENST00000622629 4324 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.59e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 MSH6-210ENST00000540021 3930 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.59e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 MSH6-201ENST00000234420 7476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.549e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 SAP30BP-214ENST00000580601 2786 ntTSL 211.54□□□□□ -0.569e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 MSH6-213ENST00000614496 4150 ntTSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.569e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TRAF4-202ENST00000262396 683 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.579e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CCDC85C-202ENST00000554877 543 ntTSL 411.49□□□□□ -0.579e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 TTYH3-203ENST00000403167 4263 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.579e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 MSH6-204ENST00000445503 4158 ntTSL 1 (best)10.87□□□□□ -0.679e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CCDC85C-205ENST00000556348 556 ntTSL 510.72□□□□□ -0.699e-6■■■□□ 15.9
CDC40O60508 CLPX-204ENST00000559152 2228 ntTSL 1 (best)10.3□□□□□ -0.769e-6■■■□□ 15.9
Retrieved 100 of 5,364 protein–RNA pairs in 165.5 ms