Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 FP236383.1-201ENST00000623860 2498 ntTSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.534e-47■■■■■ 107.7
CDC40O60508 RNU2-36P-201ENST00000410361 191 ntBASIC1.93□□□□□ -2.18e-21■■■■■ 57.1
CDC40O60508 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.321e-8■■■■■ 53.4
CDC40O60508 LRRC27-209ENST00000475747 2660 ntTSL 215.18■□□□□ 0.021e-8■■■■■ 53.4
CDC40O60508 LRRC27-202ENST00000368612 1765 ntTSL 2 BASIC11.13□□□□□ -0.631e-8■■■■■ 53.4
CDC40O60508 LRRC27-204ENST00000368614 6374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.8□□□□□ -0.841e-8■■■■■ 53.4
CDC40O60508 LRRC27-206ENST00000462656 2302 ntTSL 29.59□□□□□ -0.871e-8■■■■■ 53.4
CDC40O60508 LRRC27-208ENST00000472556 646 ntTSL 1 (best)8.76□□□□□ -1.011e-8■■■■■ 53.4
CDC40O60508 GPT2-204ENST00000562801 2092 ntTSL 213.89□□□□□ -0.194e-7■■■■■ 52.1
CDC40O60508 PCNT-205ENST00000480896 10485 ntTSL 1 (best)10.91□□□□□ -0.667e-9■■■■■ 48.5
CDC40O60508 PCNT-201ENST00000359568 10560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.697e-9■■■■■ 48.5
CDC40O60508 GPT2-201ENST00000340124 3984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.313e-7■■■■■ 48
CDC40O60508 GPT2-202ENST00000440783 4228 ntTSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.553e-7■■■■■ 48
CDC40O60508 PEPD-212ENST00000593163 1045 ntTSL 217.1■□□□□ 0.335e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.285e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.065e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.15e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 PEPD-204ENST00000588328 581 ntTSL 312.69□□□□□ -0.385e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 PEPD-213ENST00000609145 570 ntTSL 29.93□□□□□ -0.825e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 PEPD-205ENST00000588719 484 ntTSL 38.32□□□□□ -1.085e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 PEPD-208ENST00000590731 557 ntTSL 47.06□□□□□ -1.285e-7■■■■■ 47.6
CDC40O60508 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.691e-9■■■■■ 47.6
CDC40O60508 CNNM4-204ENST00000496186 748 ntTSL 39.07□□□□□ -0.961e-9■■■■■ 47.6
CDC40O60508 SLC7A1-202ENST00000450494 547 ntTSL 215.93■□□□□ 0.146e-11■■■■■ 47.3
CDC40O60508 SLC7A1-201ENST00000380752 7347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.486e-11■■■■■ 47.3
CDC40O60508 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.033e-7■■■■■ 46.4
CDC40O60508 FBRSL1-204ENST00000539264 409 ntTSL 221.97■■□□□ 1.117e-13■■■■■ 46
CDC40O60508 FBRSL1-207ENST00000543360 238 ntTSL 221.78■■□□□ 1.087e-13■■■■■ 46
CDC40O60508 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.754e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 AL121845.3-202ENST00000632538 872 ntAPPRIS P1 TSL 319.24■□□□□ 0.674e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.644e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.594e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-208ENST00000472711 787 ntTSL 318.36■□□□□ 0.534e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.484e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.314e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-211ENST00000484569 749 ntTSL 216.68■□□□□ 0.264e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-210ENST00000478385 935 ntTSL 215.9■□□□□ 0.144e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 ZGPAT-209ENST00000477340 2831 ntTSL 214.24□□□□□ -0.134e-9■■■■■ 44.9
CDC40O60508 AP001347.1-201ENST00000428809 1332 ntTSL 1 (best) BASIC7.51□□□□□ -1.212e-9■■■■■ 43.1
CDC40O60508 AP001347.1-202ENST00000432621 1084 ntTSL 1 (best)7.37□□□□□ -1.232e-9■■■■■ 43.1
CDC40O60508 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.541e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-206ENST00000503693 1182 ntTSL 1 (best)17.94■□□□□ 0.461e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-212ENST00000509531 1001 ntTSL 1 (best)17.94■□□□□ 0.461e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.431e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.231e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.191e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-216ENST00000512308 839 ntTSL 515.67■□□□□ 0.11e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-203ENST00000502558 570 ntTSL 215.43■□□□□ 0.061e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.051e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-218ENST00000513301 595 ntTSL 415.32■□□□□ 0.041e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-211ENST00000509254 598 ntTSL 414.78□□□□□ -0.041e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-217ENST00000512842 550 ntTSL 413.17□□□□□ -0.31e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.371e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 MAEA-205ENST00000503653 845 ntTSL 311.9□□□□□ -0.51e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 SRC-211ENST00000497734 446 ntTSL 1 (best)11.77□□□□□ -0.531e-8■■■■■ 42.3
CDC40O60508 INS-IGF2-205ENST00000641326 2861 ntAPPRIS P1 BASIC10.87□□□□□ -0.675e-80■■■■■ 41.9
CDC40O60508 WDR82-201ENST00000296490 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.667e-9■■■■■ 40.3
CDC40O60508 WDR82-204ENST00000487402 4333 ntTSL 29.47□□□□□ -0.897e-9■■■■■ 40.3
CDC40O60508 TNFSF14-201ENST00000245912 4336 ntTSL 1 (best) BASIC9.8□□□□□ -0.848e-8■■■■■ 39.9
CDC40O60508 ARHGEF16-207ENST00000485984 2340 ntTSL 215.94■□□□□ 0.144e-8■■■■■ 39.6
CDC40O60508 TTC38-201ENST00000381031 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.414e-8■■■■■ 39.6
CDC40O60508 PFKL-208ENST00000491298 819 ntTSL 513.67□□□□□ -0.229e-11■■■■■ 39.2
CDC40O60508 ERBB3-208ENST00000549205 971 ntTSL 511.11□□□□□ -0.633e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 ERBB3-219ENST00000551242 2755 ntTSL 1 (best)11.09□□□□□ -0.633e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 ERBB3-216ENST00000550869 572 ntTSL 410.94□□□□□ -0.663e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 ERBB3-217ENST00000551085 4382 ntTSL 210.71□□□□□ -0.73e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 ERBB3-201ENST00000267101 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.44□□□□□ -0.743e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 ERBB3-214ENST00000550070 2729 ntTSL 1 (best)9.27□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 ERBB3-203ENST00000415288 4353 ntTSL 2 BASIC8.78□□□□□ -13e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 ERBB3-211ENST00000549644 306 ntTSL 38.03□□□□□ -1.123e-8■■■■■ 37.8
CDC40O60508 IGF2-203ENST00000381395 4527 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.251e-323■■■■■ 37.2
CDC40O60508 CHID1-216ENST00000529539 602 ntTSL 219.67■□□□□ 0.742e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-218ENST00000531010 408 ntTSL 217.73■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.262e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-223ENST00000534207 1171 ntTSL 516.3■□□□□ 0.22e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-214ENST00000528534 321 ntTSL 312.3□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-205ENST00000454838 3255 ntTSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.582e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 L3MBTL4-201ENST00000317931 3560 ntTSL 5 BASIC10.83□□□□□ -0.682e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-204ENST00000449825 3537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.46□□□□□ -0.732e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 NELFCD-207ENST00000479207 1112 ntTSL 310.36□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-207ENST00000524832 878 ntTSL 210.06□□□□□ -0.82e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-210ENST00000526714 976 ntTSL 59.83□□□□□ -0.842e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 L3MBTL4-202ENST00000400104 4534 ntTSL 1 (best) BASIC9.17□□□□□ -0.942e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CHID1-213ENST00000528521 323 ntTSL 58.94□□□□□ -0.982e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 L3MBTL4-203ENST00000400105 3546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.98□□□□□ -1.132e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 NELFCD-206ENST00000478389 3581 ntTSL 27.62□□□□□ -1.192e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 NELFCD-212ENST00000497935 666 ntTSL 25.58□□□□□ -1.522e-7■■■■■ 37
CDC40O60508 CLMN-202ENST00000553733 565 ntTSL 416.87■□□□□ 0.296e-8■■■■■ 36.8
CDC40O60508 CLMN-204ENST00000555615 685 ntTSL 58.54□□□□□ -1.046e-8■■■■■ 36.8
CDC40O60508 CLMN-201ENST00000298912 12747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.03□□□□□ -1.446e-8■■■■■ 36.8
CDC40O60508 CLMN-203ENST00000555336 718 ntTSL 55.41□□□□□ -1.546e-8■■■■■ 36.8
CDC40O60508 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.961e-7■■■■■ 36.8
CDC40O60508 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.791e-7■■■■■ 36.8
CDC40O60508 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.311e-7■■■■■ 36.8
CDC40O60508 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.974e-8■■■■■ 36.5
CDC40O60508 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.274e-8■■■■■ 36.5
CDC40O60508 RILPL1-201ENST00000340724 2389 ntTSL 512.91□□□□□ -0.344e-8■■■■■ 36.5
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