Protein–RNA interactions for Protein: R4GMX3

COMMD3-BMI1, COMMD3-BMI1 readthrough, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COMMD3-BMI1R4GMX3 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COMMD3-BMI1R4GMX3 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COMMD3-BMI1R4GMX3 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COMMD3-BMI1R4GMX3 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COMMD3-BMI1R4GMX3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COMMD3-BMI1R4GMX3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COMMD3-BMI1R4GMX3 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
COMMD3-BMI1R4GMX3 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COMMD3-BMI1R4GMX3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COMMD3-BMI1R4GMX3 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COMMD3-BMI1R4GMX3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COMMD3-BMI1R4GMX3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COMMD3-BMI1R4GMX3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COMMD3-BMI1R4GMX3 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COMMD3-BMI1R4GMX3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COMMD3-BMI1R4GMX3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COMMD3-BMI1R4GMX3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COMMD3-BMI1R4GMX3 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COMMD3-BMI1R4GMX3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COMMD3-BMI1R4GMX3 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COMMD3-BMI1R4GMX3 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COMMD3-BMI1R4GMX3 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COMMD3-BMI1R4GMX3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COMMD3-BMI1R4GMX3 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COMMD3-BMI1R4GMX3 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COMMD3-BMI1R4GMX3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
COMMD3-BMI1R4GMX3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COMMD3-BMI1R4GMX3 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COMMD3-BMI1R4GMX3 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COMMD3-BMI1R4GMX3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COMMD3-BMI1R4GMX3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COMMD3-BMI1R4GMX3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
COMMD3-BMI1R4GMX3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COMMD3-BMI1R4GMX3 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COMMD3-BMI1R4GMX3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COMMD3-BMI1R4GMX3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COMMD3-BMI1R4GMX3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COMMD3-BMI1R4GMX3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COMMD3-BMI1R4GMX3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COMMD3-BMI1R4GMX3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COMMD3-BMI1R4GMX3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COMMD3-BMI1R4GMX3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
COMMD3-BMI1R4GMX3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COMMD3-BMI1R4GMX3 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COMMD3-BMI1R4GMX3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COMMD3-BMI1R4GMX3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COMMD3-BMI1R4GMX3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COMMD3-BMI1R4GMX3 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COMMD3-BMI1R4GMX3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COMMD3-BMI1R4GMX3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COMMD3-BMI1R4GMX3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COMMD3-BMI1R4GMX3 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COMMD3-BMI1R4GMX3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COMMD3-BMI1R4GMX3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COMMD3-BMI1R4GMX3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COMMD3-BMI1R4GMX3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COMMD3-BMI1R4GMX3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COMMD3-BMI1R4GMX3 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COMMD3-BMI1R4GMX3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COMMD3-BMI1R4GMX3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COMMD3-BMI1R4GMX3 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COMMD3-BMI1R4GMX3 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COMMD3-BMI1R4GMX3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COMMD3-BMI1R4GMX3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COMMD3-BMI1R4GMX3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COMMD3-BMI1R4GMX3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COMMD3-BMI1R4GMX3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
COMMD3-BMI1R4GMX3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COMMD3-BMI1R4GMX3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COMMD3-BMI1R4GMX3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COMMD3-BMI1R4GMX3 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COMMD3-BMI1R4GMX3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COMMD3-BMI1R4GMX3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COMMD3-BMI1R4GMX3 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.4 ms