Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS4AQ9UN37 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS4AQ9UN37 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS4AQ9UN37 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS4AQ9UN37 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS4AQ9UN37 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS4AQ9UN37 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS4AQ9UN37 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS4AQ9UN37 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS4AQ9UN37 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS4AQ9UN37 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS4AQ9UN37 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS4AQ9UN37 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS4AQ9UN37 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS4AQ9UN37 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS4AQ9UN37 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS4AQ9UN37 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS4AQ9UN37 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS4AQ9UN37 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS4AQ9UN37 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS4AQ9UN37 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS4AQ9UN37 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS4AQ9UN37 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS4AQ9UN37 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
VPS4AQ9UN37 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS4AQ9UN37 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS4AQ9UN37 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS4AQ9UN37 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS4AQ9UN37 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS4AQ9UN37 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS4AQ9UN37 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS4AQ9UN37 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS4AQ9UN37 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS4AQ9UN37 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS4AQ9UN37 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
VPS4AQ9UN37 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS4AQ9UN37 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS4AQ9UN37 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS4AQ9UN37 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS4AQ9UN37 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS4AQ9UN37 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS4AQ9UN37 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS4AQ9UN37 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS4AQ9UN37 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS4AQ9UN37 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms