Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
VPS4AQ9UN37 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC31.55■■■□□ 2.64
VPS4AQ9UN37 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC31.21■■■□□ 2.59
VPS4AQ9UN37 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
VPS4AQ9UN37 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
VPS4AQ9UN37 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
VPS4AQ9UN37 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
VPS4AQ9UN37 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.82■■■□□ 2.52
VPS4AQ9UN37 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.79■■■□□ 2.52
VPS4AQ9UN37 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.52
VPS4AQ9UN37 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
VPS4AQ9UN37 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
VPS4AQ9UN37 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
VPS4AQ9UN37 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
VPS4AQ9UN37 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
VPS4AQ9UN37 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS4AQ9UN37 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS4AQ9UN37 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
VPS4AQ9UN37 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS4AQ9UN37 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS4AQ9UN37 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS4AQ9UN37 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS4AQ9UN37 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS4AQ9UN37 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS4AQ9UN37 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS4AQ9UN37 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS4AQ9UN37 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS4AQ9UN37 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS4AQ9UN37 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS4AQ9UN37 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS4AQ9UN37 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS4AQ9UN37 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS4AQ9UN37 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS4AQ9UN37 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS4AQ9UN37 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS4AQ9UN37 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS4AQ9UN37 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
VPS4AQ9UN37 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
VPS4AQ9UN37 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS4AQ9UN37 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS4AQ9UN37 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS4AQ9UN37 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS4AQ9UN37 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS4AQ9UN37 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
VPS4AQ9UN37 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS4AQ9UN37 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS4AQ9UN37 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS4AQ9UN37 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS4AQ9UN37 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS4AQ9UN37 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS4AQ9UN37 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS4AQ9UN37 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS4AQ9UN37 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS4AQ9UN37 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS4AQ9UN37 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS4AQ9UN37 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS4AQ9UN37 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS4AQ9UN37 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS4AQ9UN37 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS4AQ9UN37 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS4AQ9UN37 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS4AQ9UN37 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS4AQ9UN37 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS4AQ9UN37 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS4AQ9UN37 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS4AQ9UN37 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS4AQ9UN37 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS4AQ9UN37 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS4AQ9UN37 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
VPS4AQ9UN37 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS4AQ9UN37 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS4AQ9UN37 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS4AQ9UN37 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS4AQ9UN37 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS4AQ9UN37 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VPS4AQ9UN37 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
VPS4AQ9UN37 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
VPS4AQ9UN37 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
VPS4AQ9UN37 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS4AQ9UN37 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS4AQ9UN37 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS4AQ9UN37 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS4AQ9UN37 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS4AQ9UN37 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS4AQ9UN37 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS4AQ9UN37 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS4AQ9UN37 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS4AQ9UN37 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
VPS4AQ9UN37 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS4AQ9UN37 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS4AQ9UN37 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS4AQ9UN37 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS4AQ9UN37 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS4AQ9UN37 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS4AQ9UN37 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS4AQ9UN37 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS4AQ9UN37 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS4AQ9UN37 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
VPS4AQ9UN37 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms