Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC39Q9UFE4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC39Q9UFE4 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC39Q9UFE4 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC39Q9UFE4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC39Q9UFE4 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC39Q9UFE4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC39Q9UFE4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC39Q9UFE4 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
CCDC39Q9UFE4 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC39Q9UFE4 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC39Q9UFE4 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CCDC39Q9UFE4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC39Q9UFE4 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC39Q9UFE4 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC39Q9UFE4 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC39Q9UFE4 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC39Q9UFE4 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
CCDC39Q9UFE4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
CCDC39Q9UFE4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC39Q9UFE4 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC39Q9UFE4 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC39Q9UFE4 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC39Q9UFE4 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC39Q9UFE4 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.83
CCDC39Q9UFE4 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CCDC39Q9UFE4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC39Q9UFE4 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CCDC39Q9UFE4 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
CCDC39Q9UFE4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC39Q9UFE4 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
CCDC39Q9UFE4 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC32.54■■■□□ 2.8
CCDC39Q9UFE4 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CCDC39Q9UFE4 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CCDC39Q9UFE4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC39Q9UFE4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC39Q9UFE4 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC39Q9UFE4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CCDC39Q9UFE4 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
CCDC39Q9UFE4 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC39Q9UFE4 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC39Q9UFE4 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC39Q9UFE4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC39Q9UFE4 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC39Q9UFE4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CCDC39Q9UFE4 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CCDC39Q9UFE4 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CCDC39Q9UFE4 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CCDC39Q9UFE4 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CCDC39Q9UFE4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CCDC39Q9UFE4 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
CCDC39Q9UFE4 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
CCDC39Q9UFE4 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
CCDC39Q9UFE4 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CCDC39Q9UFE4 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
CCDC39Q9UFE4 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CCDC39Q9UFE4 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC39Q9UFE4 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
CCDC39Q9UFE4 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
CCDC39Q9UFE4 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
CCDC39Q9UFE4 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
CCDC39Q9UFE4 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
CCDC39Q9UFE4 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CCDC39Q9UFE4 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
CCDC39Q9UFE4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
CCDC39Q9UFE4 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC39Q9UFE4 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CCDC39Q9UFE4 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CCDC39Q9UFE4 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC39Q9UFE4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC39Q9UFE4 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC39Q9UFE4 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC39Q9UFE4 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC39Q9UFE4 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC39Q9UFE4 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC39Q9UFE4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC39Q9UFE4 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC39Q9UFE4 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC39Q9UFE4 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC39Q9UFE4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC39Q9UFE4 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC39Q9UFE4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CCDC39Q9UFE4 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CCDC39Q9UFE4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.3 ms