Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
PTPN4P29074 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
PTPN4P29074 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
PTPN4P29074 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
PTPN4P29074 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
PTPN4P29074 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
PTPN4P29074 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
PTPN4P29074 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
PTPN4P29074 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
PTPN4P29074 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
PTPN4P29074 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
PTPN4P29074 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
PTPN4P29074 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
PTPN4P29074 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
PTPN4P29074 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
PTPN4P29074 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
PTPN4P29074 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
PTPN4P29074 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
PTPN4P29074 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
PTPN4P29074 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
PTPN4P29074 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
PTPN4P29074 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
PTPN4P29074 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
PTPN4P29074 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
PTPN4P29074 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
PTPN4P29074 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
PTPN4P29074 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
PTPN4P29074 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
PTPN4P29074 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
PTPN4P29074 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
PTPN4P29074 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
PTPN4P29074 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
PTPN4P29074 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
PTPN4P29074 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
PTPN4P29074 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
PTPN4P29074 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
PTPN4P29074 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PTPN4P29074 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PTPN4P29074 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
PTPN4P29074 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
PTPN4P29074 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.94■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
PTPN4P29074 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
PTPN4P29074 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
PTPN4P29074 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
PTPN4P29074 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
PTPN4P29074 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
PTPN4P29074 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
PTPN4P29074 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
PTPN4P29074 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
PTPN4P29074 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
PTPN4P29074 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
PTPN4P29074 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms