Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LHX3Q9UBR4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LHX3Q9UBR4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LHX3Q9UBR4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
LHX3Q9UBR4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LHX3Q9UBR4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms