RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000618056.4

PMS1-220, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 1,468 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PMS1-220ENST00000618056 NISCHQ9Y2I1 1504 aa60.92■■■■■ 7.34
PMS1-220ENST00000618056 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa54.32■■■■■ 6.29
PMS1-220ENST00000618056 ABCC9O60706 1549 aa53.18■■■■■ 6.1
PMS1-220ENST00000618056 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa51.16■■■■■ 5.78
PMS1-220ENST00000618056 NACADO15069 1562 aa51.07■■■■■ 5.77
PMS1-220ENST00000618056 DCAF8L2P0C7V8 631 aa50.81■■■■■ 5.72
PMS1-220ENST00000618056 MYO15BQ96JP2 1530 aa50.76■■■■■ 5.72
PMS1-220ENST00000618056 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP50.72■■■■■ 5.71
PMS1-220ENST00000618056 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa50.45■■■■■ 5.67
PMS1-220ENST00000618056 UNC13AQ9UPW8 1703 aa50.08■■■■■ 5.61
PMS1-220ENST00000618056 BICRAQ9NZM4 1560 aa49.63■■■■■ 5.53
PMS1-220ENST00000618056 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP49.61■■■■■ 5.53
PMS1-220ENST00000618056 SCRIBQ14160 1630 aa49.44■■■■■ 5.51
PMS1-220ENST00000618056 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa49.14■■■■■ 5.46
PMS1-220ENST00000618056 DNAJC5BQ9UF47 199 aa48.96■■■■■ 5.43
PMS1-220ENST00000618056 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP48.32■■■■■ 5.33
PMS1-220ENST00000618056 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa48.17■■■■■ 5.3
PMS1-220ENST00000618056 CECR2Q9BXF3 1484 aa47.83■■■■■ 5.25
PMS1-220ENST00000618056 SMARCA4P51532 1647 aa47.33■■■■■ 5.17
PMS1-220ENST00000618056 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP47.24■■■■■ 5.15
PMS1-220ENST00000618056 NCAPD3P42695 1498 aa47.1■■■■■ 5.13
PMS1-220ENST00000618056 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa47.09■■■■■ 5.13
PMS1-220ENST00000618056 SMARCA2P51531 1590 aa47.05■■■■■ 5.12
PMS1-220ENST00000618056 MROH2BQ7Z745 1585 aa46.92■■■■■ 5.1
PMS1-220ENST00000618056 PEG3Q9GZU2 1588 aa46.91■■■■■ 5.1
PMS1-220ENST00000618056 HMGXB3Q12766 1538 aa46.89■■■■■ 5.1
PMS1-220ENST00000618056 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP46.68■■■■■ 5.06
PMS1-220ENST00000618056 WIZO95785 1651 aa46.43■■■■■ 5.02
PMS1-220ENST00000618056 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP46.31■■■■■ 5
PMS1-220ENST00000618056 NESP48681 1621 aa45.98■■■■■ 4.95
PMS1-220ENST00000618056 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP45.93■■■■■ 4.94
PMS1-220ENST00000618056 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa45.92■■■■■ 4.94
PMS1-220ENST00000618056 ERCC6Q03468 1493 aa45.85■■■■■ 4.93
PMS1-220ENST00000618056 CADPSQ9ULU8 1353 aa45.7■■■■■ 4.91
PMS1-220ENST00000618056 PDS5BQ9NTI5 1447 aa45.57■■■■■ 4.89
PMS1-220ENST00000618056 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa45.51■■■■■ 4.88
PMS1-220ENST00000618056 CUX2O14529 1486 aa45.5■■■■■ 4.88
PMS1-220ENST00000618056 CFTRP13569 1480 aa45.41■■■■■ 4.86
PMS1-220ENST00000618056 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP45.39■■■■■ 4.86
PMS1-220ENST00000618056 CCDC88BA6NC98 1476 aa45.36■■■■■ 4.85
PMS1-220ENST00000618056 PRDM2Q13029 1718 aa45.17■■■■■ 4.82
PMS1-220ENST00000618056 FANCD2Q9BXW9 1451 aa45.17■■■■■ 4.82
PMS1-220ENST00000618056 CEP164Q9UPV0 1460 aa45.14■■■■■ 4.82
PMS1-220ENST00000618056 MRC2Q9UBG0 1479 aa45.11■■■■■ 4.81
PMS1-220ENST00000618056 WDR62O43379 1518 aa45■■■■■ 4.79
PMS1-220ENST00000618056 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP44.91■■■■■ 4.78
PMS1-220ENST00000618056 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP44.74■■■■■ 4.75
PMS1-220ENST00000618056 ABCC8Q09428 1581 aa44.46■■■■■ 4.71
PMS1-220ENST00000618056 TOPBP1Q92547 1522 aa44.44■■■■■ 4.7
PMS1-220ENST00000618056 DNMBPQ6XZF7 1577 aa44.4■■■■■ 4.7
PMS1-220ENST00000618056 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa44.27■■■■■ 4.68
PMS1-220ENST00000618056 IFT140Q96RY7 1462 aa44.2■■■■■ 4.67
PMS1-220ENST00000618056 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44.05■■■■■ 4.64
PMS1-220ENST00000618056 CUX1P39880 1505 aa44.04■■■■■ 4.64
PMS1-220ENST00000618056 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP44.01■■■■■ 4.64
PMS1-220ENST00000618056 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP44■■■■■ 4.63
PMS1-220ENST00000618056 FGD5Q6ZNL6 1462 aa43.91■■■■■ 4.62
PMS1-220ENST00000618056 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP43.86■■■■■ 4.61
PMS1-220ENST00000618056 SOGA1O94964 1423 aa43.84■■■■■ 4.61
PMS1-220ENST00000618056 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa43.82■■■■■ 4.61
PMS1-220ENST00000618056 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP43.71■■■■■ 4.591e-9■■■■□ 22.4
PMS1-220ENST00000618056 WDR97A6NE52 1622 aa43.7■■■■■ 4.59
PMS1-220ENST00000618056 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP43.67■■■■■ 4.58
PMS1-220ENST00000618056 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa43.66■■■■■ 4.58
PMS1-220ENST00000618056 TOP2BQ02880 1626 aa43.65■■■■■ 4.58
PMS1-220ENST00000618056 SYNJ1O43426 1573 aa43.6■■■■■ 4.57
PMS1-220ENST00000618056 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP43.59■■■■■ 4.57
PMS1-220ENST00000618056 OSCARQ8IYS5 282 aa43.52■■■■■ 4.56
PMS1-220ENST00000618056 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa43.51■■■■■ 4.56
PMS1-220ENST00000618056 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.37■■■■■ 4.53
PMS1-220ENST00000618056 CHD1O14646 1710 aa43.37■■■■■ 4.53
PMS1-220ENST00000618056 GRIN2BQ13224 1484 aa43.37■■■■■ 4.53
PMS1-220ENST00000618056 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.35■■■■■ 4.53
PMS1-220ENST00000618056 PBRM1Q86U86 1689 aa43.33■■■■■ 4.53
PMS1-220ENST00000618056 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa43.32■■■■■ 4.52
PMS1-220ENST00000618056 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP43.3■■■■■ 4.52
PMS1-220ENST00000618056 FBLN2P98095 1184 aa43.16■■■■■ 4.5
PMS1-220ENST00000618056 SYNJ2O15056 1496 aa43.12■■■■■ 4.49
PMS1-220ENST00000618056 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP43.06■■■■■ 4.48
PMS1-220ENST00000618056 ERICH3Q5RHP9 1530 aa42.99■■■■■ 4.47
PMS1-220ENST00000618056 ADAMTS12P58397 1594 aa42.95■■■■■ 4.47
PMS1-220ENST00000618056 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa42.9■■■■■ 4.46
PMS1-220ENST00000618056 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa42.9■■■■■ 4.46
PMS1-220ENST00000618056 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa42.9■■■■■ 4.46
PMS1-220ENST00000618056 CLASP1Q7Z460 1538 aa42.88■■■■■ 4.45
PMS1-220ENST00000618056 ARHGEF11O15085 1522 aa42.86■■■■■ 4.45
PMS1-220ENST00000618056 FHAD1B1AJZ9 1412 aa42.85■■■■■ 4.45
PMS1-220ENST00000618056 GRIN2AQ12879 1464 aa42.81■■■■■ 4.44
PMS1-220ENST00000618056 KIF27Q86VH2 1401 aa42.77■■■■■ 4.44
PMS1-220ENST00000618056 TRIM41Q8WV44 630 aa42.65■■■■■ 4.42
PMS1-220ENST00000618056 NUP160Q12769 1436 aa42.65■■■■■ 4.42
PMS1-220ENST00000618056 CEP170Q5SW79 1584 aa42.62■■■■■ 4.41
PMS1-220ENST00000618056 IGF1RP08069 1367 aa42.62■■■■■ 4.41
PMS1-220ENST00000618056 CUL7Q14999 1698 aa42.59■■■■■ 4.41
PMS1-220ENST00000618056 ARAP1Q96P48 1450 aa42.49■■■■■ 4.39
PMS1-220ENST00000618056 SHROOM2Q13796 1616 aa42.4■■■■■ 4.38
PMS1-220ENST00000618056 CYB5RLQ6IPT4 315 aa42.39■■■■■ 4.38
PMS1-220ENST00000618056 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa42.35■■■■■ 4.37
PMS1-220ENST00000618056 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.33■■■■■ 4.37
PMS1-220ENST00000618056 ERCC6L2Q5T890 1561 aa42.23■■■■■ 4.35
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