Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms