Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.828e-9■■■■■ 57
SF3B4Q15427 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82not detected
SF3B4Q15427 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.821e-6■■■■■ 27.4
SF3B4Q15427 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.813e-7■■■□□ 17.5
SF3B4Q15427 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.812e-6■■■■■ 28
SF3B4Q15427 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.812e-7■■■■■ 29.7
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SF3B4Q15427 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81not detected
SF3B4Q15427 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81not detected
SF3B4Q15427 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81not detected
SF3B4Q15427 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.812e-6■■■■■ 43.6
SF3B4Q15427 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.814e-8■■■■□ 19.3
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SF3B4Q15427 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.85e-7■■■■■ 27.8
SF3B4Q15427 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.83e-6■■■□□ 16.8
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SF3B4Q15427 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.791e-7■■■□□ 14.7
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SF3B4Q15427 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79not detected
SF3B4Q15427 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79not detected
SF3B4Q15427 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79not detected
SF3B4Q15427 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.791e-6■■■□□ 18.8
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SF3B4Q15427 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79not detected
SF3B4Q15427 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79not detected
SF3B4Q15427 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.784e-9■■■■■ 31.2
SF3B4Q15427 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78not detected
SF3B4Q15427 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78not detected
SF3B4Q15427 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.784e-7■■■■□ 24.8
SF3B4Q15427 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77not detected
SF3B4Q15427 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.779e-6■■■■□ 20
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SF3B4Q15427 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.772e-8■■■■■ 27.3
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SF3B4Q15427 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76not detected
SF3B4Q15427 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76not detected
SF3B4Q15427 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.764e-9■■■■□ 24.1
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SF3B4Q15427 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76not detected
SF3B4Q15427 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75not detected
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SF3B4Q15427 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.751e-8■■■□□ 19.1
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SF3B4Q15427 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74not detected
SF3B4Q15427 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74not detected
SF3B4Q15427 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74not detected
SF3B4Q15427 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74not detected
SF3B4Q15427 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.744e-21■■□□□ 14.5
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SF3B4Q15427 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.739e-6■■■■■ 27.7
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SF3B4Q15427 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73not detected
SF3B4Q15427 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.739e-7■■■■□ 19.8
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SF3B4Q15427 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.73e-8■■■■■ 30.6
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SF3B4Q15427 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.695e-7■■■■□ 23.2
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SF3B4Q15427 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69not detected
SF3B4Q15427 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69not detected
SF3B4Q15427 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.693e-6■□□□□ 10.4
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SF3B4Q15427 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69not detected
SF3B4Q15427 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.693e-9■■■■■ 31.4
SF3B4Q15427 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.684e-6■■■□□ 19.1
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SF3B4Q15427 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68not detected
SF3B4Q15427 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.681e-6■■□□□ 13.5
SF3B4Q15427 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.688e-8■■■■■ 29.8
SF3B4Q15427 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67not detected
SF3B4Q15427 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.672e-6■■■■□ 21.5
SF3B4Q15427 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.673e-8■■■■■ 27.7
SF3B4Q15427 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67not detected
SF3B4Q15427 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67not detected
SF3B4Q15427 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67not detected
SF3B4Q15427 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.45■■□□□ 1.67not detected
SF3B4Q15427 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66not detected
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