Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CHD3Q12873 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CHD3Q12873 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHD3Q12873 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHD3Q12873 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CHD3Q12873 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHD3Q12873 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHD3Q12873 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHD3Q12873 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHD3Q12873 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHD3Q12873 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CHD3Q12873 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHD3Q12873 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CHD3Q12873 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHD3Q12873 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHD3Q12873 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHD3Q12873 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHD3Q12873 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD3Q12873 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHD3Q12873 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHD3Q12873 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHD3Q12873 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD3Q12873 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHD3Q12873 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHD3Q12873 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHD3Q12873 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHD3Q12873 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHD3Q12873 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHD3Q12873 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHD3Q12873 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHD3Q12873 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHD3Q12873 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHD3Q12873 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHD3Q12873 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHD3Q12873 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHD3Q12873 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHD3Q12873 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHD3Q12873 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHD3Q12873 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHD3Q12873 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHD3Q12873 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHD3Q12873 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CHD3Q12873 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHD3Q12873 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHD3Q12873 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD3Q12873 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD3Q12873 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHD3Q12873 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CHD3Q12873 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHD3Q12873 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHD3Q12873 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHD3Q12873 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHD3Q12873 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHD3Q12873 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHD3Q12873 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CHD3Q12873 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CHD3Q12873 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CHD3Q12873 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHD3Q12873 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHD3Q12873 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD3Q12873 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD3Q12873 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD3Q12873 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHD3Q12873 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHD3Q12873 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHD3Q12873 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHD3Q12873 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHD3Q12873 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHD3Q12873 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHD3Q12873 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHD3Q12873 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHD3Q12873 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHD3Q12873 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD3Q12873 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD3Q12873 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHD3Q12873 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHD3Q12873 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHD3Q12873 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHD3Q12873 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD3Q12873 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CHD3Q12873 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD3Q12873 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD3Q12873 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD3Q12873 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD3Q12873 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD3Q12873 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD3Q12873 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD3Q12873 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHD3Q12873 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD3Q12873 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
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