Protein–RNA interactions for Protein: O60260

PRKN, E3 ubiquitin-protein ligase parkin, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRKNO60260 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PRKNO60260 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PRKNO60260 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PRKNO60260 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PRKNO60260 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
PRKNO60260 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PRKNO60260 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
PRKNO60260 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PRKNO60260 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PRKNO60260 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PRKNO60260 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PRKNO60260 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PRKNO60260 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PRKNO60260 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PRKNO60260 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PRKNO60260 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PRKNO60260 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
PRKNO60260 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PRKNO60260 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PRKNO60260 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PRKNO60260 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PRKNO60260 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PRKNO60260 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PRKNO60260 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PRKNO60260 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PRKNO60260 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
PRKNO60260 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PRKNO60260 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PRKNO60260 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PRKNO60260 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PRKNO60260 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PRKNO60260 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PRKNO60260 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PRKNO60260 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PRKNO60260 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PRKNO60260 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PRKNO60260 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PRKNO60260 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PRKNO60260 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PRKNO60260 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PRKNO60260 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PRKNO60260 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PRKNO60260 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PRKNO60260 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PRKNO60260 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PRKNO60260 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PRKNO60260 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PRKNO60260 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PRKNO60260 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PRKNO60260 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PRKNO60260 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PRKNO60260 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
PRKNO60260 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PRKNO60260 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PRKNO60260 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PRKNO60260 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PRKNO60260 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PRKNO60260 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PRKNO60260 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PRKNO60260 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PRKNO60260 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
PRKNO60260 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
PRKNO60260 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PRKNO60260 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PRKNO60260 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PRKNO60260 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
PRKNO60260 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PRKNO60260 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PRKNO60260 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PRKNO60260 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PRKNO60260 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PRKNO60260 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PRKNO60260 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PRKNO60260 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PRKNO60260 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
PRKNO60260 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PRKNO60260 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PRKNO60260 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PRKNO60260 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PRKNO60260 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
PRKNO60260 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24■■□□□ 1.43
PRKNO60260 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24■■□□□ 1.43
PRKNO60260 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24■■□□□ 1.43
PRKNO60260 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PRKNO60260 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PRKNO60260 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PRKNO60260 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PRKNO60260 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
PRKNO60260 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PRKNO60260 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
PRKNO60260 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
PRKNO60260 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PRKNO60260 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PRKNO60260 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PRKNO60260 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PRKNO60260 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
PRKNO60260 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PRKNO60260 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
PRKNO60260 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
PRKNO60260 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms