Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
PCDHB3Q9Y5E6 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
PCDHB3Q9Y5E6 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PCDHB3Q9Y5E6 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PCDHB3Q9Y5E6 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
PCDHB3Q9Y5E6 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms