Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA1P49639 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXA1P49639 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA1P49639 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXA1P49639 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms