Protein–RNA interactions for Protein: P09493

TPM1, Tropomyosin alpha-1 chain, humanhuman

Predictions only

Length 284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM1P09493 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TPM1P09493 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TPM1P09493 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TPM1P09493 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TPM1P09493 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
TPM1P09493 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TPM1P09493 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TPM1P09493 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
TPM1P09493 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TPM1P09493 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
TPM1P09493 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TPM1P09493 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TPM1P09493 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TPM1P09493 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
TPM1P09493 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM1P09493 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM1P09493 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM1P09493 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM1P09493 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TPM1P09493 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TPM1P09493 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
TPM1P09493 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.06■■■□□ 2.24
TPM1P09493 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TPM1P09493 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TPM1P09493 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
TPM1P09493 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
TPM1P09493 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TPM1P09493 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TPM1P09493 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TPM1P09493 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
TPM1P09493 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TPM1P09493 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TPM1P09493 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TPM1P09493 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
TPM1P09493 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TPM1P09493 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TPM1P09493 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TPM1P09493 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TPM1P09493 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TPM1P09493 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TPM1P09493 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TPM1P09493 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TPM1P09493 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TPM1P09493 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TPM1P09493 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TPM1P09493 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TPM1P09493 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TPM1P09493 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TPM1P09493 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TPM1P09493 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TPM1P09493 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM1P09493 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM1P09493 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM1P09493 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM1P09493 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TPM1P09493 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TPM1P09493 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TPM1P09493 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TPM1P09493 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TPM1P09493 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TPM1P09493 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TPM1P09493 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TPM1P09493 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TPM1P09493 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TPM1P09493 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TPM1P09493 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TPM1P09493 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TPM1P09493 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TPM1P09493 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TPM1P09493 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.2
TPM1P09493 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TPM1P09493 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TPM1P09493 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TPM1P09493 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TPM1P09493 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TPM1P09493 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TPM1P09493 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TPM1P09493 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
TPM1P09493 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TPM1P09493 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TPM1P09493 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TPM1P09493 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TPM1P09493 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TPM1P09493 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TPM1P09493 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TPM1P09493 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TPM1P09493 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TPM1P09493 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.2
TPM1P09493 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TPM1P09493 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TPM1P09493 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TPM1P09493 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TPM1P09493 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TPM1P09493 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TPM1P09493 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TPM1P09493 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TPM1P09493 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TPM1P09493 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TPM1P09493 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TPM1P09493 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms