Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
BRPF3Q9ULD4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC32.63■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC32.45■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC32.43■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC32.36■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.28■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC32.2■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC32.01■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms