Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
BRPF3Q9ULD4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC32.63■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
BRPF3Q9ULD4 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
BRPF3Q9ULD4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC32.45■■■□□ 2.79
BRPF3Q9ULD4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC32.43■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
BRPF3Q9ULD4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC32.36■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.77
BRPF3Q9ULD4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.28■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
BRPF3Q9ULD4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC32.2■■■□□ 2.75
BRPF3Q9ULD4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
BRPF3Q9ULD4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.73
BRPF3Q9ULD4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.72
BRPF3Q9ULD4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC32.01■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms