Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LINC00477Q96M19 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LINC00477Q96M19 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LINC00477Q96M19 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LINC00477Q96M19 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LINC00477Q96M19 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LINC00477Q96M19 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LINC00477Q96M19 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LINC00477Q96M19 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms