Protein–RNA interactions for Protein: Q8TB33

LINC01560, Putative uncharacterized protein encoded by LINC01560, humanhuman

Predictions only

Length 94 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC01560Q8TB33 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LINC01560Q8TB33 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LINC01560Q8TB33 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LINC01560Q8TB33 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LINC01560Q8TB33 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LINC01560Q8TB33 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LINC01560Q8TB33 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LINC01560Q8TB33 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LINC01560Q8TB33 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LINC01560Q8TB33 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LINC01560Q8TB33 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LINC01560Q8TB33 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LINC01560Q8TB33 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LINC01560Q8TB33 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LINC01560Q8TB33 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LINC01560Q8TB33 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LINC01560Q8TB33 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LINC01560Q8TB33 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LINC01560Q8TB33 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LINC01560Q8TB33 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LINC01560Q8TB33 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms