Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
SCN9AQ15858 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC33.34■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.93
SCN9AQ15858 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
SCN9AQ15858 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
SCN9AQ15858 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
SCN9AQ15858 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
SCN9AQ15858 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.03■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
SCN9AQ15858 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.95■■■□□ 2.87
SCN9AQ15858 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
SCN9AQ15858 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC32.89■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
SCN9AQ15858 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC32.81■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms