Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC42.22■■■■■ 4.35
SCN9AQ15858 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC41.7■■■■■ 4.27
SCN9AQ15858 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.2■■■■■ 4.19
SCN9AQ15858 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.17■■■■■ 4.18
SCN9AQ15858 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.85■■■■■ 4.13
SCN9AQ15858 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.67■■■■■ 4.1
SCN9AQ15858 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
SCN9AQ15858 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC40.38■■■■■ 4.06
SCN9AQ15858 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.97■■■■□ 3.99
SCN9AQ15858 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC39.83■■■■□ 3.97
SCN9AQ15858 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC39.79■■■■□ 3.96
SCN9AQ15858 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC39.74■■■■□ 3.95
SCN9AQ15858 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
SCN9AQ15858 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
SCN9AQ15858 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.49■■■■□ 3.91
SCN9AQ15858 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.48■■■■□ 3.91
SCN9AQ15858 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.28■■■■□ 3.88
SCN9AQ15858 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.26■■■■□ 3.88
SCN9AQ15858 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
SCN9AQ15858 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC38.98■■■■□ 3.83
SCN9AQ15858 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.75■■■■□ 3.79
SCN9AQ15858 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC38.75■■■■□ 3.79
SCN9AQ15858 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.73■■■■□ 3.79
SCN9AQ15858 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
SCN9AQ15858 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC38.7■■■■□ 3.79
SCN9AQ15858 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
SCN9AQ15858 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC38.54■■■■□ 3.76
SCN9AQ15858 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.46■■■■□ 3.75
SCN9AQ15858 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC38.45■■■■□ 3.75
SCN9AQ15858 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
SCN9AQ15858 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC38.4■■■■□ 3.74
SCN9AQ15858 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.29■■■■□ 3.72
SCN9AQ15858 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC38.02■■■■□ 3.68
SCN9AQ15858 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC38■■■■□ 3.67
SCN9AQ15858 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC37.95■■■■□ 3.67
SCN9AQ15858 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
SCN9AQ15858 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC37.86■■■■□ 3.65
SCN9AQ15858 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC37.82■■■■□ 3.64
SCN9AQ15858 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
SCN9AQ15858 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
SCN9AQ15858 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
SCN9AQ15858 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
SCN9AQ15858 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
SCN9AQ15858 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
SCN9AQ15858 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
SCN9AQ15858 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
SCN9AQ15858 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC37.21■■■■□ 3.55
SCN9AQ15858 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC37.2■■■■□ 3.55
SCN9AQ15858 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
SCN9AQ15858 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC37.13■■■■□ 3.53
SCN9AQ15858 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
SCN9AQ15858 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
SCN9AQ15858 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
SCN9AQ15858 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC36.84■■■■□ 3.49
SCN9AQ15858 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC36.82■■■■□ 3.48
SCN9AQ15858 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
SCN9AQ15858 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
SCN9AQ15858 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
SCN9AQ15858 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
SCN9AQ15858 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC36.66■■■■□ 3.46
SCN9AQ15858 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
SCN9AQ15858 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
SCN9AQ15858 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
SCN9AQ15858 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
SCN9AQ15858 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
SCN9AQ15858 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
SCN9AQ15858 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
SCN9AQ15858 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
SCN9AQ15858 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
SCN9AQ15858 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
SCN9AQ15858 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
SCN9AQ15858 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
SCN9AQ15858 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
SCN9AQ15858 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.43■■■■□ 3.42
SCN9AQ15858 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
SCN9AQ15858 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
SCN9AQ15858 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
SCN9AQ15858 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
SCN9AQ15858 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
SCN9AQ15858 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
SCN9AQ15858 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC36.25■■■■□ 3.39
SCN9AQ15858 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
SCN9AQ15858 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
SCN9AQ15858 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
SCN9AQ15858 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC36.18■■■■□ 3.38
SCN9AQ15858 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
SCN9AQ15858 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
SCN9AQ15858 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
SCN9AQ15858 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC36.15■■■■□ 3.38
SCN9AQ15858 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
SCN9AQ15858 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
SCN9AQ15858 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
SCN9AQ15858 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.07■■■■□ 3.36
SCN9AQ15858 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
SCN9AQ15858 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC36.04■■■■□ 3.36
SCN9AQ15858 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.01■■■■□ 3.36
SCN9AQ15858 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
SCN9AQ15858 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC35.89■■■■□ 3.34
SCN9AQ15858 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
SCN9AQ15858 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC35.89■■■■□ 3.34
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