Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LMX1BO60663 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LMX1BO60663 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LMX1BO60663 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LMX1BO60663 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LMX1BO60663 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LMX1BO60663 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LMX1BO60663 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
LMX1BO60663 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LMX1BO60663 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LMX1BO60663 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms