Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.69
CCDC39Q9UFE4 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC39Q9UFE4 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC39Q9UFE4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC39Q9UFE4 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.79■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
CCDC39Q9UFE4 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC39Q9UFE4 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
CCDC39Q9UFE4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC39Q9UFE4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC39Q9UFE4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC39Q9UFE4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC39Q9UFE4 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC39Q9UFE4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC39Q9UFE4 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC39Q9UFE4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC39Q9UFE4 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC39Q9UFE4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC31.37■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC39Q9UFE4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC39Q9UFE4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC39Q9UFE4 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CCDC39Q9UFE4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC31.27■■■□□ 2.6
CCDC39Q9UFE4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.6
CCDC39Q9UFE4 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CCDC39Q9UFE4 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
CCDC39Q9UFE4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms