Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
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