Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
VIMP08670 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
VIMP08670 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VIMP08670 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
VIMP08670 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VIMP08670 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
VIMP08670 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
VIMP08670 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
VIMP08670 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
VIMP08670 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
VIMP08670 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
VIMP08670 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
VIMP08670 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
VIMP08670 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VIMP08670 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
VIMP08670 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VIMP08670 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
VIMP08670 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
VIMP08670 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VIMP08670 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
VIMP08670 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
VIMP08670 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
VIMP08670 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
VIMP08670 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VIMP08670 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VIMP08670 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VIMP08670 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VIMP08670 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VIMP08670 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VIMP08670 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VIMP08670 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VIMP08670 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VIMP08670 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VIMP08670 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VIMP08670 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VIMP08670 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
VIMP08670 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VIMP08670 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VIMP08670 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VIMP08670 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VIMP08670 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
VIMP08670 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VIMP08670 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VIMP08670 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
VIMP08670 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
VIMP08670 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
VIMP08670 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VIMP08670 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VIMP08670 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VIMP08670 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VIMP08670 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VIMP08670 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VIMP08670 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VIMP08670 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
VIMP08670 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
VIMP08670 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VIMP08670 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
VIMP08670 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VIMP08670 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
VIMP08670 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
VIMP08670 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.53■■■□□ 2
VIMP08670 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VIMP08670 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
VIMP08670 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VIMP08670 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VIMP08670 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VIMP08670 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VIMP08670 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VIMP08670 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VIMP08670 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VIMP08670 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
VIMP08670 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VIMP08670 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VIMP08670 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VIMP08670 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VIMP08670 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VIMP08670 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
VIMP08670 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
VIMP08670 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VIMP08670 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VIMP08670 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VIMP08670 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VIMP08670 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VIMP08670 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VIMP08670 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VIMP08670 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
VIMP08670 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VIMP08670 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VIMP08670 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VIMP08670 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VIMP08670 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VIMP08670 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VIMP08670 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VIMP08670 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VIMP08670 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VIMP08670 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VIMP08670 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
VIMP08670 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
VIMP08670 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VIMP08670 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms