Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
PRPF40AO75400 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
PRPF40AO75400 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
PRPF40AO75400 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
PRPF40AO75400 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
PRPF40AO75400 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
PRPF40AO75400 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
PRPF40AO75400 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
PRPF40AO75400 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
PRPF40AO75400 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
PRPF40AO75400 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
PRPF40AO75400 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
PRPF40AO75400 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
PRPF40AO75400 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
PRPF40AO75400 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
PRPF40AO75400 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
PRPF40AO75400 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC32.08■■■□□ 2.73
PRPF40AO75400 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
PRPF40AO75400 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
PRPF40AO75400 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
PRPF40AO75400 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
PRPF40AO75400 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
PRPF40AO75400 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
PRPF40AO75400 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
PRPF40AO75400 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
PRPF40AO75400 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC31.95■■■□□ 2.71
PRPF40AO75400 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC31.93■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
PRPF40AO75400 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
PRPF40AO75400 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
PRPF40AO75400 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.67
PRPF40AO75400 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
PRPF40AO75400 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC31.73■■■□□ 2.67
PRPF40AO75400 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
PRPF40AO75400 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
PRPF40AO75400 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
PRPF40AO75400 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC31.67■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
PRPF40AO75400 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.65
PRPF40AO75400 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
PRPF40AO75400 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
PRPF40AO75400 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
PRPF40AO75400 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
PRPF40AO75400 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
PRPF40AO75400 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
PRPF40AO75400 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
PRPF40AO75400 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
PRPF40AO75400 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
PRPF40AO75400 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.7 ms