Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TCRBV7S3A2A0A539 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCRBV7S3A2A0A539 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCRBV7S3A2A0A539 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
TCRBV7S3A2A0A539 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCRBV7S3A2A0A539 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCRBV7S3A2A0A539 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCRBV7S3A2A0A539 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCRBV7S3A2A0A539 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCRBV7S3A2A0A539 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TCRBV7S3A2A0A539 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCRBV7S3A2A0A539 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCRBV7S3A2A0A539 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
TCRBV7S3A2A0A539 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCRBV7S3A2A0A539 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCRBV7S3A2A0A539 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TCRBV7S3A2A0A539 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
TCRBV7S3A2A0A539 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TCRBV7S3A2A0A539 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TCRBV7S3A2A0A539 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TCRBV7S3A2A0A539 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TCRBV7S3A2A0A539 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms