Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL6A2P12110 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL6A2P12110 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
COL6A2P12110 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL6A2P12110 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A2P12110 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL6A2P12110 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL6A2P12110 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL6A2P12110 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A2P12110 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A2P12110 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL6A2P12110 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A2P12110 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL6A2P12110 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL6A2P12110 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL6A2P12110 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL6A2P12110 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL6A2P12110 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL6A2P12110 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL6A2P12110 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL6A2P12110 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL6A2P12110 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL6A2P12110 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL6A2P12110 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A2P12110 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A2P12110 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A2P12110 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A2P12110 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A2P12110 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL6A2P12110 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.08
COL6A2P12110 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL6A2P12110 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL6A2P12110 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A2P12110 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A2P12110 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL6A2P12110 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL6A2P12110 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL6A2P12110 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A2P12110 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A2P12110 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A2P12110 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A2P12110 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.04
COL6A2P12110 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A2P12110 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A2P12110 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL6A2P12110 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL6A2P12110 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL6A2P12110 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A2P12110 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A2P12110 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A2P12110 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A2P12110 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A2P12110 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A2P12110 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL6A2P12110 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A2P12110 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A2P12110 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 160 ms