Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
VIMP08670 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
VIMP08670 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
VIMP08670 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
VIMP08670 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
VIMP08670 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
VIMP08670 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
VIMP08670 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
VIMP08670 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
VIMP08670 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VIMP08670 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
VIMP08670 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
VIMP08670 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
VIMP08670 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
VIMP08670 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
VIMP08670 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VIMP08670 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VIMP08670 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VIMP08670 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
VIMP08670 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
VIMP08670 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VIMP08670 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
VIMP08670 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
VIMP08670 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VIMP08670 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VIMP08670 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
VIMP08670 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
VIMP08670 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
VIMP08670 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
VIMP08670 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
VIMP08670 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
VIMP08670 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
VIMP08670 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.18
VIMP08670 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
VIMP08670 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
VIMP08670 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
VIMP08670 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
VIMP08670 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
VIMP08670 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VIMP08670 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VIMP08670 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VIMP08670 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VIMP08670 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VIMP08670 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VIMP08670 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VIMP08670 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VIMP08670 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VIMP08670 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VIMP08670 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
VIMP08670 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VIMP08670 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VIMP08670 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VIMP08670 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VIMP08670 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VIMP08670 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VIMP08670 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VIMP08670 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VIMP08670 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VIMP08670 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VIMP08670 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VIMP08670 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VIMP08670 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VIMP08670 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
VIMP08670 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VIMP08670 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VIMP08670 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VIMP08670 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VIMP08670 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VIMP08670 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VIMP08670 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VIMP08670 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VIMP08670 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VIMP08670 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VIMP08670 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VIMP08670 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VIMP08670 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VIMP08670 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VIMP08670 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VIMP08670 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VIMP08670 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VIMP08670 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VIMP08670 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VIMP08670 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VIMP08670 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VIMP08670 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VIMP08670 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VIMP08670 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VIMP08670 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
VIMP08670 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VIMP08670 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VIMP08670 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VIMP08670 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VIMP08670 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
VIMP08670 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VIMP08670 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
VIMP08670 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
VIMP08670 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
VIMP08670 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
VIMP08670 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
VIMP08670 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms