Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J248

TRAV1-1, T-cell receptor alpha variable 1-1 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 108 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-1A0A0B4J248 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRAV1-1A0A0B4J248 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRAV1-1A0A0B4J248 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRAV1-1A0A0B4J248 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRAV1-1A0A0B4J248 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRAV1-1A0A0B4J248 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRAV1-1A0A0B4J248 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRAV1-1A0A0B4J248 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRAV1-1A0A0B4J248 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRAV1-1A0A0B4J248 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRAV1-1A0A0B4J248 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRAV1-1A0A0B4J248 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRAV1-1A0A0B4J248 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRAV1-1A0A0B4J248 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRAV1-1A0A0B4J248 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRAV1-1A0A0B4J248 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRAV1-1A0A0B4J248 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRAV1-1A0A0B4J248 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRAV1-1A0A0B4J248 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRAV1-1A0A0B4J248 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAV1-1A0A0B4J248 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAV1-1A0A0B4J248 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAV1-1A0A0B4J248 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAV1-1A0A0B4J248 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRAV1-1A0A0B4J248 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRAV1-1A0A0B4J248 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRAV1-1A0A0B4J248 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TRAV1-1A0A0B4J248 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRAV1-1A0A0B4J248 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRAV1-1A0A0B4J248 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRAV1-1A0A0B4J248 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRAV1-1A0A0B4J248 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRAV1-1A0A0B4J248 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRAV1-1A0A0B4J248 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRAV1-1A0A0B4J248 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRAV1-1A0A0B4J248 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRAV1-1A0A0B4J248 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRAV1-1A0A0B4J248 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV1-1A0A0B4J248 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV1-1A0A0B4J248 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV1-1A0A0B4J248 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV1-1A0A0B4J248 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TRAV1-1A0A0B4J248 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRAV1-1A0A0B4J248 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRAV1-1A0A0B4J248 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRAV1-1A0A0B4J248 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-1A0A0B4J248 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-1A0A0B4J248 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRAV1-1A0A0B4J248 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRAV1-1A0A0B4J248 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRAV1-1A0A0B4J248 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRAV1-1A0A0B4J248 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRAV1-1A0A0B4J248 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRAV1-1A0A0B4J248 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRAV1-1A0A0B4J248 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRAV1-1A0A0B4J248 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRAV1-1A0A0B4J248 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms