Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.092e-8■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 CLK2-205ENST00000476983 1885 ntTSL 1 (best)17.43■□□□□ 0.382e-8■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.142e-8■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 CLK2-207ENST00000497188 2702 ntTSL 210.15□□□□□ -0.782e-8■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 CLK2-204ENST00000471047 701 ntTSL 38.66□□□□□ -1.028e-20■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 AGAP3-217ENST00000480106 393 ntTSL 27.18□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 EPG5-202ENST00000585906 4348 ntTSL 26.98□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 EPG5-201ENST00000282041 12633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.372e-6■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 EPG5-207ENST00000587974 4457 ntTSL 1 (best)6.08□□□□□ -1.442e-6■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.319e-20■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 RANBP1-210ENST00000435265 1879 ntTSL 217.26■□□□□ 0.359e-20■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 RANBP1-205ENST00000418705 932 ntTSL 315.13■□□□□ 0.019e-20■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.39e-20■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.389e-20■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 IVD-203ENST00000479013 4251 ntTSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 PKD1-237ENST00000569983 722 ntTSL 518.38■□□□□ 0.534e-19■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 ABCD4-217ENST00000496015 1248 ntTSL 512.52□□□□□ -0.414e-7■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 AC005519.2-201ENST00000554532 1367 ntTSL 4 BASIC11.57□□□□□ -0.564e-7■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 TSC2-221ENST00000568366 767 ntTSL 415.76■□□□□ 0.113e-9■■■■■ 51.1
SF3B4Q15427 TSC2-217ENST00000561695 555 ntTSL 215.2■□□□□ 0.023e-9■■■■■ 51.1
SF3B4Q15427 TSC2-216ENST00000497886 3248 ntTSL 213.07□□□□□ -0.324e-7■■■■■ 51.1
SF3B4Q15427 TSC2-213ENST00000483020 563 ntTSL 411.99□□□□□ -0.493e-9■■■■■ 51.1
SF3B4Q15427 TSC2-212ENST00000471143 577 ntTSL 410.92□□□□□ -0.663e-9■■■■■ 51.1
SF3B4Q15427 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.929e-7■■■■■ 51.1
SF3B4Q15427 RBM39-201ENST00000253363 2488 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC3.4□□□□□ -1.877e-7■■■■■ 51.1
SF3B4Q15427 MLXIPL-207ENST00000453275 690 ntTSL 517.94■□□□□ 0.462e-10■■■■■ 50.9
SF3B4Q15427 NPLOC4-217ENST00000574897 2365 ntTSL 221.16■□□□□ 0.985e-7■■■■■ 50.9
SF3B4Q15427 NPLOC4-202ENST00000374747 5538 ntTSL 2 BASIC11.34□□□□□ -0.595e-7■■■■■ 50.9
SF3B4Q15427 MYO18A-204ENST00000528564 589 ntTSL 413.78□□□□□ -0.21e-10■■■■■ 50.9
SF3B4Q15427 MYO18A-221ENST00000590242 637 ntTSL 211.14□□□□□ -0.631e-10■■■■■ 50.9
SF3B4Q15427 SRRM2-211ENST00000572883 887 ntTSL 29.62□□□□□ -0.872e-18■■■■■ 50.8
SF3B4Q15427 MAU2-216ENST00000609122 551 ntTSL 418.23■□□□□ 0.511e-9■■■■■ 50.8
SF3B4Q15427 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC0.78□□□□□ -2.282e-7■■■■■ 50.8
SF3B4Q15427 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.723e-10■■■■■ 50.7
SF3B4Q15427 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.483e-10■■■■■ 50.7
SF3B4Q15427 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.463e-10■■■■■ 50.7
SF3B4Q15427 ZNF511-203ENST00000463816 605 ntTSL 515.47■□□□□ 0.073e-10■■■■■ 50.7
SF3B4Q15427 BRIP1-205ENST00000583837 449 ntTSL 59.14□□□□□ -0.953e-10■■■■■ 50.7
SF3B4Q15427 HNRNPA1-212ENST00000551679 359 ntTSL 25.04□□□□□ -1.66e-11■■■■■ 50.6
SF3B4Q15427 SERINC3-201ENST00000255175 1726 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.634e-11■■■■■ 50.6
SF3B4Q15427 SERINC3-202ENST00000342374 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.724e-11■■■■■ 50.6
SF3B4Q15427 SERINC3-203ENST00000411544 812 ntTSL 38.69□□□□□ -1.024e-11■■■■■ 50.6
SF3B4Q15427 MPP1-216ENST00000491955 2378 ntTSL 26.56□□□□□ -1.361e-13■■■■■ 50.6
SF3B4Q15427 PPIL2-206ENST00000458567 557 ntTSL 43.77□□□□□ -1.814e-7■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.941e-8■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 TRAP1-201ENST00000246957 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.581e-8■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-228ENST00000523517 2378 ntTSL 1 (best)16.88■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-206ENST00000517890 2501 ntTSL 215.37■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-217ENST00000520810 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-209ENST00000518679 2784 ntTSL 213.9□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-218ENST00000520835 2403 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-223ENST00000522147 954 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-201ENST00000342222 3952 ntTSL 211.62□□□□□ -0.552e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-230ENST00000629753 4069 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.572e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-214ENST00000520201 5002 ntTSL 211.49□□□□□ -0.572e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-227ENST00000523105 1966 ntTSL 211.49□□□□□ -0.572e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-220ENST00000521661 2196 ntTSL 511.31□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-216ENST00000520655 3777 ntTSL 210.72□□□□□ -0.692e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 IKBKB-202ENST00000416505 4036 ntTSL 2 BASIC9.81□□□□□ -0.842e-6■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-208ENST00000564966 1122 ntTSL 223.18■■□□□ 1.31e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-206ENST00000563597 815 ntTSL 322.65■■□□□ 1.221e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-213ENST00000568810 1080 ntTSL 222.65■■□□□ 1.221e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-209ENST00000566749 1490 ntTSL 522.34■■□□□ 1.171e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.091e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-204ENST00000562664 941 ntTSL 321.6■■□□□ 1.051e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-203ENST00000562222 742 ntTSL 321.58■■□□□ 1.051e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.991e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-212ENST00000567828 742 ntTSL 320.66■□□□□ 0.91e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-205ENST00000563200 1447 ntTSL 519.78■□□□□ 0.761e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-207ENST00000563732 846 ntTSL 218.6■□□□□ 0.571e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.291e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 PPP4C-210ENST00000567040 879 ntTSL 215.95■□□□□ 0.141e-11■■■■■ 50.5
SF3B4Q15427 SLC25A10-204ENST00000570310 595 ntTSL 313.76□□□□□ -0.219e-13■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 SLC25A10-206ENST00000573246 898 ntTSL 312.53□□□□□ -0.49e-13■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 CANX-218ENST00000514032 1876 ntTSL 217.95■□□□□ 0.461e-21■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.111e-21■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 CANX-202ENST00000452673 4207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.41e-21■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 CANX-209ENST00000504734 2232 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.08□□□□□ -0.481e-21■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 CANX-205ENST00000502673 1000 ntTSL 510.41□□□□□ -0.741e-21■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.433e-6■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 ZDHHC18-201ENST00000374141 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 29.34□□□□□ -0.913e-6■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.72e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.552e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-211ENST00000592700 1602 ntTSL 218.15■□□□□ 0.52e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.432e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.122e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.022e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.022e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 PANK4-205ENST00000486396 879 ntTSL 214.45□□□□□ -0.12e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 KLF6-203ENST00000461124 764 ntTSL 514.03□□□□□ -0.162e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.22e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.22e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.22e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.22e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC13.5□□□□□ -0.252e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-204ENST00000586656 436 ntTSL 313.49□□□□□ -0.252e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC13.03□□□□□ -0.322e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RSL24D1-205ENST00000565854 605 ntTSL 512.97□□□□□ -0.332e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 KLF6-201ENST00000173785 925 ntTSL 212.06□□□□□ -0.486e-12■■■■■ 50.4
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3598.5 ms