Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 FOXRED1-207ENST00000527004 1760 ntTSL 516.13■□□□□ 0.173e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 JAK3-205ENST00000528293 1173 ntTSL 216.06■□□□□ 0.163e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-208ENST00000527875 583 ntTSL 316.02■□□□□ 0.163e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-201ENST00000269468 3259 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.153e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RUVBL2-201ENST00000221413 1478 ntTSL 1 (best)15.97■□□□□ 0.151e-10■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.143e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FHL3-205ENST00000485803 1468 ntTSL 1 (best)15.92■□□□□ 0.143e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC7A9-203ENST00000589659 886 ntTSL 315.88■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-203ENST00000525083 1228 ntTSL 215.85■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-206ENST00000526525 586 ntTSL 415.85■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.123e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-210ENST00000595912 895 ntTSL 215.77■□□□□ 0.123e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.113e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.113e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 LAMA5-204ENST00000462415 585 ntTSL 215.71■□□□□ 0.113e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SNX22-204ENST00000560607 1182 ntTSL 215.63■□□□□ 0.093e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GALNS-209ENST00000567525 1953 ntTSL 215.55■□□□□ 0.083e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-221ENST00000589867 673 ntTSL 315.53■□□□□ 0.083e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PPFIA4-203ENST00000367240 6434 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.073e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLTCL1-201ENST00000412649 4635 ntTSL 215.45■□□□□ 0.063e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-213ENST00000586118 1012 ntTSL 315.44■□□□□ 0.063e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 STK40-201ENST00000359297 4837 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.053e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MAEA-218ENST00000513301 595 ntTSL 415.33■□□□□ 0.043e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PPFIA4-202ENST00000295706 6395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.043e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-207ENST00000506641 792 ntTSL 515.21■□□□□ 0.033e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PPFIA4-204ENST00000447715 6349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.023e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.013e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RECQL5-216ENST00000582548 709 ntTSL 514.99□□□□□ -0.013e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REC8-213ENST00000620473 2405 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.013e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TMEM147-205ENST00000593027 669 ntTSL 314.88□□□□□ -0.033e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-217ENST00000534011 1955 ntTSL 214.87□□□□□ -0.033e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TBC1D14-208ENST00000451522 4149 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.063e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SNX22-202ENST00000557789 3713 ntTSL 514.65□□□□□ -0.063e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.083e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SNX22-201ENST00000325881 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.083e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GOLGA2P5-201ENST00000266746 2395 ntBASIC14.53□□□□□ -0.083e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CPT1B-209ENST00000461117 562 ntTSL 214.43□□□□□ -0.13e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PPFIA4-210ENST00000599966 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.113e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 STK40-203ENST00000373130 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.113e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC28A1-201ENST00000286749 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.123e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GOLGA2P5-206ENST00000545820 4871 ntTSL 214.18□□□□□ -0.143e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-218ENST00000534315 2210 ntTSL 1 (best)14.18□□□□□ -0.143e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC28A1-203ENST00000394573 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.143e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PPFIA4-211ENST00000600426 2967 ntAPPRIS ALT2 TSL 213.98□□□□□ -0.173e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GPR108-212ENST00000598052 671 ntTSL 313.97□□□□□ -0.173e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REEP4-205ENST00000519875 732 ntTSL 313.95□□□□□ -0.183e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 LENG8-206ENST00000443957 463 ntTSL 313.88□□□□□ -0.193e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-208ENST00000527226 613 ntTSL 213.84□□□□□ -0.193e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC13.83□□□□□ -0.23e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-219ENST00000589733 767 ntTSL 213.78□□□□□ -0.23e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLTCL1-210ENST00000617926 1695 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.223e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC7A9-205ENST00000590465 1998 ntTSL 213.65□□□□□ -0.223e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-202ENST00000524751 895 ntTSL 313.62□□□□□ -0.233e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-205ENST00000526366 553 ntTSL 413.62□□□□□ -0.233e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GOLGA2P5-205ENST00000537988 5266 ntTSL 213.6□□□□□ -0.233e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-212ENST00000532101 1030 ntTSL 513.57□□□□□ -0.243e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-212ENST00000596847 646 ntTSL 513.52□□□□□ -0.253e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PPFIA4-201ENST00000272198 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.253e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RECQL5-207ENST00000578865 1176 ntTSL 1 (best)13.4□□□□□ -0.263e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-203ENST00000446152 1549 ntTSL 513.36□□□□□ -0.273e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TMEM147-209ENST00000599895 1045 ntTSL 513.34□□□□□ -0.273e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC7A9-201ENST00000023064 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.283e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MAEA-217ENST00000512842 550 ntTSL 413.24□□□□□ -0.293e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 JAK3-204ENST00000527670 3996 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.293e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TBC1D14-201ENST00000409757 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.313e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-225ENST00000591535 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.323e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 ESRP2-209ENST00000565213 398 ntTSL 312.83□□□□□ -0.363e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SF3A2-207ENST00000592839 724 ntTSL 212.78□□□□□ -0.363e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-201ENST00000309481 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.373e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-214ENST00000542030 460 ntTSL 412.73□□□□□ -0.373e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-204ENST00000525770 1427 ntTSL 212.66□□□□□ -0.383e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-205ENST00000593432 556 ntTSL 412.62□□□□□ -0.393e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TTLL12-202ENST00000484118 636 ntTSL 312.53□□□□□ -0.43e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SF3A2-204ENST00000589118 759 ntTSL 212.42□□□□□ -0.423e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-214ENST00000513250 567 ntTSL 312.36□□□□□ -0.433e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-202ENST00000503042 3540 ntTSL 212.31□□□□□ -0.443e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-213ENST00000541511 528 ntTSL 412.3□□□□□ -0.443e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MED25-206ENST00000594998 3339 ntTSL 1 (best)12.29□□□□□ -0.443e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-212ENST00000530705 4735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.443e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GOLGA2P5-203ENST00000397112 2632 ntTSL 2 BASIC12.26□□□□□ -0.453e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REC8-205ENST00000559939 494 ntTSL 212.16□□□□□ -0.463e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 AP5Z1-203ENST00000477454 576 ntTSL 412.09□□□□□ -0.473e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-213ENST00000597152 605 ntTSL 511.98□□□□□ -0.493e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REC8-212ENST00000619469 2720 ntTSL 211.97□□□□□ -0.493e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GALNS-212ENST00000568613 1804 ntTSL 211.97□□□□□ -0.493e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TBC1D14-209ENST00000467966 627 ntTSL 311.91□□□□□ -0.53e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 DHPS-203ENST00000593400 585 ntTSL 411.89□□□□□ -0.513e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 JAK3-207ENST00000534444 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.513e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC28A1-204ENST00000538177 2155 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.513e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLTCL1-209ENST00000617103 4859 ntTSL 1 (best)11.83□□□□□ -0.523e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REC8-204ENST00000559797 1007 ntTSL 511.76□□□□□ -0.533e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-214ENST00000616577 4814 ntTSL 3 BASIC11.67□□□□□ -0.543e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TBC1D14-202ENST00000410031 4201 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.543e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GSDMB-212ENST00000520542 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.553e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SF3A2-205ENST00000590034 573 ntTSL 311.55□□□□□ -0.563e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GOLGA2P5-202ENST00000304813 3105 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.563e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-203ENST00000503151 627 ntTSL 311.35□□□□□ -0.593e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TBC1D14-206ENST00000446947 4021 ntTSL 5 BASIC11.31□□□□□ -0.63e-8■■■■■ 54.4
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 863.6 ms