RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589867.2

MBD1-221, Transcript of methyl-CpG binding domain protein 1, human

TSL 3

Gene MBD1, Length 673 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
MBD1-221	ENST00000589867	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		42.55	■■■■■ 4.4
MBD1-221	ENST00000589867	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		37.83	■■■■□ 3.65
MBD1-221	ENST00000589867	ABCC9	O60706	1549 aa		37.15	■■■■□ 3.54
MBD1-221	ENST00000589867	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		35.62	■■■■□ 3.29
MBD1-221	ENST00000589867	NACAD	O15069	1562 aa		35.58	■■■■□ 3.29
MBD1-221	ENST00000589867	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		35.46	■■■■□ 3.27
MBD1-221	ENST00000589867	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	35.43	■■■■□ 3.26
MBD1-221	ENST00000589867	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		35.37	■■■■□ 3.25
MBD1-221	ENST00000589867	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		35.18	■■■■□ 3.22
MBD1-221	ENST00000589867	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		34.95	■■■■□ 3.18
MBD1-221	ENST00000589867	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	34.71	■■■■□ 3.15
MBD1-221	ENST00000589867	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		34.7	■■■■□ 3.15
MBD1-221	ENST00000589867	SCRIB	Q14160	1630 aa		34.53	■■■■□ 3.12
MBD1-221	ENST00000589867	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		34.33	■■■■□ 3.09
MBD1-221	ENST00000589867	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		34.16	■■■■□ 3.06
MBD1-221	ENST00000589867	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	33.71	■■■□□ 2.99
MBD1-221	ENST00000589867	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		33.61	■■■□□ 2.97
MBD1-221	ENST00000589867	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		33.37	■■■□□ 2.93
MBD1-221	ENST00000589867	SMARCA4	P51532	1647 aa		33.03	■■■□□ 2.88
MBD1-221	ENST00000589867	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	32.92	■■■□□ 2.86
MBD1-221	ENST00000589867	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		32.89	■■■□□ 2.86
MBD1-221	ENST00000589867	NCAPD3	P42695	1498 aa		32.88	■■■□□ 2.85
MBD1-221	ENST00000589867	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		32.83	■■■□□ 2.85
MBD1-221	ENST00000589867	SMARCA2	P51531	1590 aa		32.77	■■■□□ 2.84
MBD1-221	ENST00000589867	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		32.73	■■■□□ 2.83
MBD1-221	ENST00000589867	HMGXB3	Q12766	1538 aa		32.68	■■■□□ 2.82
MBD1-221	ENST00000589867	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
MBD1-221	ENST00000589867	WIZ	O95785	1651 aa		32.46	■■■□□ 2.79
MBD1-221	ENST00000589867	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	32.4	■■■□□ 2.78
MBD1-221	ENST00000589867	NES	P48681	1621 aa		32.17	■■■□□ 2.74
MBD1-221	ENST00000589867	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	32.05	■■■□□ 2.72
MBD1-221	ENST00000589867	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		31.98	■■■□□ 2.71
MBD1-221	ENST00000589867	ERCC6	Q03468	1493 aa		31.91	■■■□□ 2.7
MBD1-221	ENST00000589867	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		31.89	■■■□□ 2.7
MBD1-221	ENST00000589867	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		31.75	■■■□□ 2.67
MBD1-221	ENST00000589867	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		31.73	■■■□□ 2.67
MBD1-221	ENST00000589867	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		31.72	■■■□□ 2.67
MBD1-221	ENST00000589867	CFTR	P13569	1480 aa		31.71	■■■□□ 2.67
MBD1-221	ENST00000589867	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	31.68	■■■□□ 2.66
MBD1-221	ENST00000589867	CUX2	O14529	1486 aa		31.68	■■■□□ 2.66
MBD1-221	ENST00000589867	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		31.52	■■■□□ 2.64
MBD1-221	ENST00000589867	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		31.46	■■■□□ 2.63
MBD1-221	ENST00000589867	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		31.46	■■■□□ 2.63
MBD1-221	ENST00000589867	PRDM2	Q13029	1718 aa		31.42	■■■□□ 2.62
MBD1-221	ENST00000589867	WDR62	O43379	1518 aa		31.39	■■■□□ 2.62
MBD1-221	ENST00000589867	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	31.39	■■■□□ 2.62
MBD1-221	ENST00000589867	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	31.28	■■■□□ 2.6
MBD1-221	ENST00000589867	TOPBP1	Q92547	1522 aa		31.03	■■■□□ 2.56
MBD1-221	ENST00000589867	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		30.96	■■■□□ 2.55
MBD1-221	ENST00000589867	ABCC8	Q09428	1581 aa		30.92	■■■□□ 2.54
MBD1-221	ENST00000589867	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		30.88	■■■□□ 2.53
MBD1-221	ENST00000589867	IFT140	Q96RY7	1462 aa		30.82	■■■□□ 2.52
MBD1-221	ENST00000589867	CUX1	P39880	1505 aa		30.79	■■■□□ 2.52
MBD1-221	ENST00000589867	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	30.78	■■■□□ 2.52
MBD1-221	ENST00000589867	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	30.76	■■■□□ 2.52
MBD1-221	ENST00000589867	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	30.74	■■■□□ 2.51
MBD1-221	ENST00000589867	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		30.66	■■■□□ 2.5
MBD1-221	ENST00000589867	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		30.65	■■■□□ 2.5
MBD1-221	ENST00000589867	SOGA1	O94964	1423 aa		30.6	■■■□□ 2.49
MBD1-221	ENST00000589867	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	30.59	■■■□□ 2.49
MBD1-221	ENST00000589867	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	30.56	■■■□□ 2.48
MBD1-221	ENST00000589867	SYNJ1	O43426	1573 aa		30.49	■■■□□ 2.47
MBD1-221	ENST00000589867	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	30.47	■■■□□ 2.47
MBD1-221	ENST00000589867	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		30.47	■■■□□ 2.47
MBD1-221	ENST00000589867	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	30.46	■■■□□ 2.47
MBD1-221	ENST00000589867	TOP2B	Q02880	1626 aa		30.46	■■■□□ 2.47
MBD1-221	ENST00000589867	WDR97	A6NE52	1622 aa		30.45	■■■□□ 2.47
MBD1-221	ENST00000589867	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		30.37	■■■□□ 2.45
MBD1-221	ENST00000589867	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		30.32	■■■□□ 2.44
MBD1-221	ENST00000589867	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		30.27	■■■□□ 2.44
MBD1-221	ENST00000589867	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		30.25	■■■□□ 2.43
MBD1-221	ENST00000589867	CHD1	O14646	1710 aa		30.24	■■■□□ 2.43
MBD1-221	ENST00000589867	GRIN2B	Q13224	1484 aa		30.24	■■■□□ 2.43
MBD1-221	ENST00000589867	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		30.24	■■■□□ 2.43
MBD1-221	ENST00000589867	PBRM1	Q86U86	1689 aa		30.2	■■■□□ 2.42
MBD1-221	ENST00000589867	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	30.17	■■■□□ 2.42
MBD1-221	ENST00000589867	FBLN2	P98095	1184 aa		30.08	■■■□□ 2.41
MBD1-221	ENST00000589867	SYNJ2	O15056	1496 aa		30.06	■■■□□ 2.4
MBD1-221	ENST00000589867	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	30	■■■□□ 2.39
MBD1-221	ENST00000589867	ADAMTS12	P58397	1594 aa		29.97	■■■□□ 2.39
MBD1-221	ENST00000589867	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		29.96	■■■□□ 2.39
MBD1-221	ENST00000589867	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		29.94	■■■□□ 2.38
MBD1-221	ENST00000589867	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		29.93	■■■□□ 2.38
MBD1-221	ENST00000589867	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		29.93	■■■□□ 2.38
MBD1-221	ENST00000589867	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		29.93	■■■□□ 2.38
MBD1-221	ENST00000589867	ARHGEF11	O15085	1522 aa		29.9	■■■□□ 2.38
MBD1-221	ENST00000589867	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		29.88	■■■□□ 2.37
MBD1-221	ENST00000589867	GRIN2A	Q12879	1464 aa		29.87	■■■□□ 2.37
MBD1-221	ENST00000589867	KIF27	Q86VH2	1401 aa		29.81	■■■□□ 2.36
MBD1-221	ENST00000589867	IGF1R	P08069	1367 aa		29.8	■■■□□ 2.36
MBD1-221	ENST00000589867	NUP160	Q12769	1436 aa		29.79	■■■□□ 2.36
MBD1-221	ENST00000589867	CEP170	Q5SW79	1584 aa		29.78	■■■□□ 2.36
MBD1-221	ENST00000589867	TRIM41	Q8WV44	630 aa		29.74	■■■□□ 2.35
MBD1-221	ENST00000589867	ARAP1	Q96P48	1450 aa		29.69	■■■□□ 2.34
MBD1-221	ENST00000589867	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		29.67	■■■□□ 2.34
MBD1-221	ENST00000589867	CUL7	Q14999	1698 aa		29.64	■■■□□ 2.34
MBD1-221	ENST00000589867	SHROOM2	Q13796	1616 aa		29.58	■■■□□ 2.33
MBD1-221	ENST00000589867	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		29.58	■■■□□ 2.33
MBD1-221	ENST00000589867	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		29.58	■■■□□ 2.33
MBD1-221	ENST00000589867	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		29.57	■■■□□ 2.32

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