Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 LINC00910-205ENST00000592094 1042 ntTSL 1 (best)15.68■□□□□ 0.19e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.079e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.019e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-202ENST00000586231 2890 ntTSL 2 BASIC12.42□□□□□ -0.429e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-201ENST00000341011 2303 ntTSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.469e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-204ENST00000588654 541 ntTSL 410.72□□□□□ -0.699e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 RNU2-4P-201ENST00000606190 192 ntBASIC1.57□□□□□ -2.169e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 ZNF420-209ENST00000590332 541 ntTSL 413.92□□□□□ -0.181e-178■■■■■ 506.3
SF3A3Q12874 ZNF420-205ENST00000587029 612 ntTSL 413.4□□□□□ -0.261e-178■■■■■ 506.3
SF3A3Q12874 LINC00854-214ENST00000615433 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 57.38□□□□□ -1.233e-29■■■■■ 428.3
SF3A3Q12874 LINC00854-204ENST00000594691 649 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC6.7□□□□□ -1.343e-29■■■■■ 428.3
SF3A3Q12874 U2.6-201ENST00000619225 191 ntBASIC2.21□□□□□ -2.063e-29■■■■■ 428.3
SF3A3Q12874 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.752e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-204ENST00000378797 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.112e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.082e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-201ENST00000378781 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.092e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-208ENST00000429979 3979 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.252e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-206ENST00000409879 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.28□□□□□ -0.762e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-202ENST00000378784 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.912e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-207ENST00000417405 494 ntTSL 39.29□□□□□ -0.922e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-210ENST00000441284 2754 ntTSL 57.83□□□□□ -1.162e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-209ENST00000439642 972 ntTSL 27.41□□□□□ -1.222e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-205ENST00000389908 3956 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC6.59□□□□□ -1.352e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RNU2-6P-201ENST00000411404 190 ntBASIC5.04□□□□□ -1.62e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RNU2-51P-201ENST00000410708 197 ntBASIC0.47□□□□□ -2.336e-34■■■■■ 320.2
SF3A3Q12874 RNU2-36P-201ENST00000410361 191 ntBASIC3.77□□□□□ -1.812e-44■■■■■ 303.8
SF3A3Q12874 RNU2-64P-201ENST00000411315 191 ntBASIC1.37□□□□□ -2.191e-119■■■■■ 292.4
SF3A3Q12874 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC0.42□□□□□ -2.343e-49■■■■■ 216.2
SF3A3Q12874 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.284e-13■■■■■ 213.1
SF3A3Q12874 SMC4-221ENST00000489573 1553 ntTSL 1 (best)21.23■□□□□ 0.994e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-209ENST00000468653 1756 ntTSL 218.92■□□□□ 0.624e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-213ENST00000472282 667 ntTSL 38.44□□□□□ -1.064e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-214ENST00000472991 582 ntTSL 58.44□□□□□ -1.064e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-212ENST00000470240 724 ntTSL 38.27□□□□□ -1.094e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-208ENST00000467468 566 ntTSL 44.65□□□□□ -1.674e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-219ENST00000487747 637 ntTSL 54.61□□□□□ -1.674e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-227ENST00000497984 563 ntTSL 54.14□□□□□ -1.754e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 MIR15B-201ENST00000385045 98 ntBASIC1.58□□□□□ -2.164e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 GET4-203ENST00000412734 873 ntTSL 213.42□□□□□ -0.268e-23■■■■■ 192
SF3A3Q12874 GET4-205ENST00000441491 682 ntTSL 513.31□□□□□ -0.288e-23■■■■■ 192
SF3A3Q12874 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.772e-24■■■■■ 186.6
SF3A3Q12874 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.232e-24■■■■■ 186.6
SF3A3Q12874 RNU2-25P-201ENST00000411041 191 ntBASIC2.76□□□□□ -1.972e-24■■■■■ 179.1
SF3A3Q12874 RNU2-48P-201ENST00000410694 191 ntBASIC2.5□□□□□ -2.018e-25■■■■■ 153.9
SF3A3Q12874 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.422e-8■■■■■ 147.4
SF3A3Q12874 GET4-202ENST00000407192 4356 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.12e-8■■■■■ 147.4
SF3A3Q12874 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.61e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RUVBL1-208ENST00000585057 1113 ntTSL 39.62□□□□□ -0.871e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RUVBL1-203ENST00000472125 913 ntTSL 39.32□□□□□ -0.921e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RNU2-37P-201ENST00000410695 177 ntBASIC3.83□□□□□ -1.81e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RNU6-40P-201ENST00000384254 107 ntBASIC6.17□□□□□ -1.422e-23■■■■■ 136.9
SF3A3Q12874 RNU2-27P-201ENST00000516185 142 ntBASIC3.48□□□□□ -1.851e-18■■■■■ 132.9
SF3A3Q12874 C1orf159-212ENST00000467751 2099 ntTSL 219.34■□□□□ 0.693e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.633e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.533e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-203ENST00000379325 2010 ntTSL 216.86■□□□□ 0.293e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-211ENST00000465822 1933 ntTSL 216.19■□□□□ 0.183e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.173e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-218ENST00000482816 982 ntTSL 516.07■□□□□ 0.163e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-214ENST00000473600 793 ntTSL 315.29■□□□□ 0.043e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-216ENST00000477196 3214 ntTSL 215.23■□□□□ 0.033e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-207ENST00000434641 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 514.75□□□□□ -0.053e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-206ENST00000427787 575 ntTSL 514.29□□□□□ -0.123e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-208ENST00000442117 554 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.86□□□□□ -0.193e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-209ENST00000462097 836 ntAPPRIS ALT2 TSL 313.66□□□□□ -0.223e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.433e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-215ENST00000475119 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.13□□□□□ -0.473e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.42e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.222e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.182e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-208ENST00000519657 1005 ntTSL 210.08□□□□□ -0.82e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-218ENST00000523104 453 ntTSL 38.65□□□□□ -1.022e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-206ENST00000519359 839 ntTSL 57.3□□□□□ -1.242e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-213ENST00000521370 645 ntTSL 36.38□□□□□ -1.392e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RNU2-5P-201ENST00000410533 180 ntBASIC6□□□□□ -1.453e-20■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.793e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-211ENST00000469858 1971 ntTSL 218.22■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.393e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-202ENST00000357388 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.173e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-210ENST00000469762 3998 ntTSL 2 BASIC11.16□□□□□ -0.623e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.636e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-220ENST00000600296 525 ntTSL 315.83■□□□□ 0.126e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-215ENST00000591057 561 ntTSL 415.15■□□□□ 0.026e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-212ENST00000589429 525 ntTSL 414.81□□□□□ -0.046e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-206ENST00000586476 1930 ntTSL 214.1□□□□□ -0.156e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-217ENST00000591855 744 ntTSL 214.05□□□□□ -0.166e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.316e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-204ENST00000585554 1244 ntTSL 212.48□□□□□ -0.416e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-211ENST00000588980 2018 ntTSL 212.44□□□□□ -0.426e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-213ENST00000590135 1763 ntTSL 212.26□□□□□ -0.456e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-210ENST00000588892 2582 ntTSL 212.25□□□□□ -0.456e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-221ENST00000601236 455 ntTSL 312.18□□□□□ -0.466e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-202ENST00000378975 747 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.566e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-205ENST00000585771 572 ntTSL 311.43□□□□□ -0.586e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-218ENST00000592913 975 ntTSL 211.08□□□□□ -0.646e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-216ENST00000591084 723 ntTSL 310.66□□□□□ -0.76e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-203ENST00000412391 904 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.84□□□□□ -0.836e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-219ENST00000594792 702 ntTSL 39.84□□□□□ -0.836e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-208ENST00000587987 1036 ntTSL 1 (best)8.86□□□□□ -0.996e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-207ENST00000587886 263 ntTSL 34.03□□□□□ -1.766e-15■■■■■ 122.1
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 91.9 ms