Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 LINC00910-205ENST00000592094 1042 ntTSL 1 (best)15.68■□□□□ 0.19e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.079e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.019e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-202ENST00000586231 2890 ntTSL 2 BASIC12.42□□□□□ -0.429e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-201ENST00000341011 2303 ntTSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.469e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 LINC00910-204ENST00000588654 541 ntTSL 410.72□□□□□ -0.699e-284■■■■■ 592.9
SF3A3Q12874 RNU2-4P-201ENST00000606190 192 ntBASIC1.57□□□□□ -2.169e-284■■■■■ 592.9
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SF3A3Q12874 ZNF420-205ENST00000587029 612 ntTSL 413.4□□□□□ -0.261e-178■■■■■ 506.3
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SF3A3Q12874 LINC00854-204ENST00000594691 649 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC6.7□□□□□ -1.343e-29■■■■■ 428.3
SF3A3Q12874 U2.6-201ENST00000619225 191 ntBASIC2.21□□□□□ -2.063e-29■■■■■ 428.3
SF3A3Q12874 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.752e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-204ENST00000378797 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.112e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.082e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-201ENST00000378781 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.092e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-208ENST00000429979 3979 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.252e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-206ENST00000409879 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.28□□□□□ -0.762e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-202ENST00000378784 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.912e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-207ENST00000417405 494 ntTSL 39.29□□□□□ -0.922e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-210ENST00000441284 2754 ntTSL 57.83□□□□□ -1.162e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-209ENST00000439642 972 ntTSL 27.41□□□□□ -1.222e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RUBCNL-205ENST00000389908 3956 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC6.59□□□□□ -1.352e-11■■■■■ 336.4
SF3A3Q12874 RNU2-6P-201ENST00000411404 190 ntBASIC5.04□□□□□ -1.62e-11■■■■■ 336.4
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SF3A3Q12874 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC0.42□□□□□ -2.343e-49■■■■■ 216.2
SF3A3Q12874 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.284e-13■■■■■ 213.1
SF3A3Q12874 SMC4-221ENST00000489573 1553 ntTSL 1 (best)21.23■□□□□ 0.994e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-209ENST00000468653 1756 ntTSL 218.92■□□□□ 0.624e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-213ENST00000472282 667 ntTSL 38.44□□□□□ -1.064e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-214ENST00000472991 582 ntTSL 58.44□□□□□ -1.064e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-212ENST00000470240 724 ntTSL 38.27□□□□□ -1.094e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-208ENST00000467468 566 ntTSL 44.65□□□□□ -1.674e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-219ENST00000487747 637 ntTSL 54.61□□□□□ -1.674e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 SMC4-227ENST00000497984 563 ntTSL 54.14□□□□□ -1.754e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 MIR15B-201ENST00000385045 98 ntBASIC1.58□□□□□ -2.164e-10■■■■■ 210.9
SF3A3Q12874 GET4-203ENST00000412734 873 ntTSL 213.42□□□□□ -0.268e-23■■■■■ 192
SF3A3Q12874 GET4-205ENST00000441491 682 ntTSL 513.31□□□□□ -0.288e-23■■■■■ 192
SF3A3Q12874 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.772e-24■■■■■ 186.6
SF3A3Q12874 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.232e-24■■■■■ 186.6
SF3A3Q12874 RNU2-25P-201ENST00000411041 191 ntBASIC2.76□□□□□ -1.972e-24■■■■■ 179.1
SF3A3Q12874 RNU2-48P-201ENST00000410694 191 ntBASIC2.5□□□□□ -2.018e-25■■■■■ 153.9
SF3A3Q12874 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.422e-8■■■■■ 147.4
SF3A3Q12874 GET4-202ENST00000407192 4356 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.12e-8■■■■■ 147.4
SF3A3Q12874 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.61e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RUVBL1-208ENST00000585057 1113 ntTSL 39.62□□□□□ -0.871e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RUVBL1-203ENST00000472125 913 ntTSL 39.32□□□□□ -0.921e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RNU2-37P-201ENST00000410695 177 ntBASIC3.83□□□□□ -1.81e-28■■■■■ 138.2
SF3A3Q12874 RNU6-40P-201ENST00000384254 107 ntBASIC6.17□□□□□ -1.422e-23■■■■■ 136.9
SF3A3Q12874 RNU2-27P-201ENST00000516185 142 ntBASIC3.48□□□□□ -1.851e-18■■■■■ 132.9
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SF3A3Q12874 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.633e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.533e-10■■■■■ 128.2
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SF3A3Q12874 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.173e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-218ENST00000482816 982 ntTSL 516.07■□□□□ 0.163e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-214ENST00000473600 793 ntTSL 315.29■□□□□ 0.043e-10■■■■■ 128.2
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SF3A3Q12874 C1orf159-207ENST00000434641 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 514.75□□□□□ -0.053e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-206ENST00000427787 575 ntTSL 514.29□□□□□ -0.123e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-208ENST00000442117 554 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.86□□□□□ -0.193e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-209ENST00000462097 836 ntAPPRIS ALT2 TSL 313.66□□□□□ -0.223e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.433e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 C1orf159-215ENST00000475119 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.13□□□□□ -0.473e-10■■■■■ 128.2
SF3A3Q12874 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.42e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.222e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.182e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-208ENST00000519657 1005 ntTSL 210.08□□□□□ -0.82e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-218ENST00000523104 453 ntTSL 38.65□□□□□ -1.022e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-206ENST00000519359 839 ntTSL 57.3□□□□□ -1.242e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RBPMS-213ENST00000521370 645 ntTSL 36.38□□□□□ -1.392e-33■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 RNU2-5P-201ENST00000410533 180 ntBASIC6□□□□□ -1.453e-20■■■■■ 127.9
SF3A3Q12874 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.793e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-211ENST00000469858 1971 ntTSL 218.22■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.393e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-202ENST00000357388 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.173e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 SMC4-210ENST00000469762 3998 ntTSL 2 BASIC11.16□□□□□ -0.623e-7■■■■■ 122.4
SF3A3Q12874 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.636e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-220ENST00000600296 525 ntTSL 315.83■□□□□ 0.126e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-215ENST00000591057 561 ntTSL 415.15■□□□□ 0.026e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-212ENST00000589429 525 ntTSL 414.81□□□□□ -0.046e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-206ENST00000586476 1930 ntTSL 214.1□□□□□ -0.156e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-217ENST00000591855 744 ntTSL 214.05□□□□□ -0.166e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.316e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-204ENST00000585554 1244 ntTSL 212.48□□□□□ -0.416e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-211ENST00000588980 2018 ntTSL 212.44□□□□□ -0.426e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-213ENST00000590135 1763 ntTSL 212.26□□□□□ -0.456e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-210ENST00000588892 2582 ntTSL 212.25□□□□□ -0.456e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-221ENST00000601236 455 ntTSL 312.18□□□□□ -0.466e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-202ENST00000378975 747 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.566e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-205ENST00000585771 572 ntTSL 311.43□□□□□ -0.586e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-218ENST00000592913 975 ntTSL 211.08□□□□□ -0.646e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-216ENST00000591084 723 ntTSL 310.66□□□□□ -0.76e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-203ENST00000412391 904 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.84□□□□□ -0.836e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-219ENST00000594792 702 ntTSL 39.84□□□□□ -0.836e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-208ENST00000587987 1036 ntTSL 1 (best)8.86□□□□□ -0.996e-15■■■■■ 122.1
SF3A3Q12874 U2AF1L4-207ENST00000587886 263 ntTSL 34.03□□□□□ -1.766e-15■■■■■ 122.1
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