Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
DDX28Q9NUL7 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
DDX28Q9NUL7 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
DDX28Q9NUL7 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
DDX28Q9NUL7 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
DDX28Q9NUL7 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC29■■■□□ 2.23
DDX28Q9NUL7 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
DDX28Q9NUL7 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
DDX28Q9NUL7 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
DDX28Q9NUL7 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
DDX28Q9NUL7 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
DDX28Q9NUL7 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
DDX28Q9NUL7 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
DDX28Q9NUL7 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
DDX28Q9NUL7 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
DDX28Q9NUL7 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
DDX28Q9NUL7 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
DDX28Q9NUL7 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
DDX28Q9NUL7 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
DDX28Q9NUL7 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
DDX28Q9NUL7 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
DDX28Q9NUL7 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
DDX28Q9NUL7 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
DDX28Q9NUL7 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
DDX28Q9NUL7 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
DDX28Q9NUL7 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
DDX28Q9NUL7 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
DDX28Q9NUL7 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
DDX28Q9NUL7 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
DDX28Q9NUL7 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
DDX28Q9NUL7 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
DDX28Q9NUL7 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
DDX28Q9NUL7 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
DDX28Q9NUL7 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
DDX28Q9NUL7 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
DDX28Q9NUL7 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
DDX28Q9NUL7 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
DDX28Q9NUL7 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
DDX28Q9NUL7 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
DDX28Q9NUL7 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
DDX28Q9NUL7 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
DDX28Q9NUL7 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
DDX28Q9NUL7 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
DDX28Q9NUL7 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
DDX28Q9NUL7 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
DDX28Q9NUL7 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
DDX28Q9NUL7 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
DDX28Q9NUL7 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
DDX28Q9NUL7 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
DDX28Q9NUL7 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
DDX28Q9NUL7 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
DDX28Q9NUL7 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
DDX28Q9NUL7 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
DDX28Q9NUL7 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
DDX28Q9NUL7 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
DDX28Q9NUL7 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
DDX28Q9NUL7 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
DDX28Q9NUL7 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
DDX28Q9NUL7 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
DDX28Q9NUL7 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
DDX28Q9NUL7 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
DDX28Q9NUL7 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
DDX28Q9NUL7 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
DDX28Q9NUL7 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
DDX28Q9NUL7 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
DDX28Q9NUL7 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
DDX28Q9NUL7 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
DDX28Q9NUL7 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
DDX28Q9NUL7 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
DDX28Q9NUL7 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
DDX28Q9NUL7 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
DDX28Q9NUL7 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
DDX28Q9NUL7 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
DDX28Q9NUL7 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
DDX28Q9NUL7 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
DDX28Q9NUL7 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
DDX28Q9NUL7 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
DDX28Q9NUL7 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
DDX28Q9NUL7 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
DDX28Q9NUL7 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
DDX28Q9NUL7 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
DDX28Q9NUL7 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
DDX28Q9NUL7 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
DDX28Q9NUL7 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
DDX28Q9NUL7 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
DDX28Q9NUL7 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
DDX28Q9NUL7 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
DDX28Q9NUL7 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
DDX28Q9NUL7 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
DDX28Q9NUL7 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms