Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC32.73■■■□□ 2.83
PCDH1Q08174 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
PCDH1Q08174 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
PCDH1Q08174 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
PCDH1Q08174 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC31.86■■■□□ 2.69
PCDH1Q08174 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
PCDH1Q08174 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
PCDH1Q08174 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
PCDH1Q08174 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
PCDH1Q08174 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
PCDH1Q08174 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
PCDH1Q08174 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC31.11■■■□□ 2.57
PCDH1Q08174 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
PCDH1Q08174 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
PCDH1Q08174 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.49■■■□□ 2.47
PCDH1Q08174 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
PCDH1Q08174 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.39■■■□□ 2.46
PCDH1Q08174 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC30.27■■■□□ 2.44
PCDH1Q08174 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
PCDH1Q08174 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
PCDH1Q08174 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
PCDH1Q08174 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
PCDH1Q08174 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
PCDH1Q08174 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
PCDH1Q08174 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
PCDH1Q08174 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
PCDH1Q08174 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
PCDH1Q08174 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
PCDH1Q08174 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
PCDH1Q08174 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
PCDH1Q08174 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
PCDH1Q08174 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
PCDH1Q08174 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
PCDH1Q08174 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
PCDH1Q08174 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
PCDH1Q08174 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
PCDH1Q08174 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
PCDH1Q08174 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
PCDH1Q08174 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
PCDH1Q08174 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
PCDH1Q08174 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
PCDH1Q08174 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
PCDH1Q08174 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDH1Q08174 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
PCDH1Q08174 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
PCDH1Q08174 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
PCDH1Q08174 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
PCDH1Q08174 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PCDH1Q08174 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PCDH1Q08174 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
PCDH1Q08174 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
PCDH1Q08174 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
PCDH1Q08174 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
PCDH1Q08174 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
PCDH1Q08174 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
PCDH1Q08174 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
PCDH1Q08174 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
PCDH1Q08174 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
PCDH1Q08174 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
PCDH1Q08174 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
PCDH1Q08174 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
PCDH1Q08174 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
PCDH1Q08174 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
PCDH1Q08174 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
PCDH1Q08174 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
PCDH1Q08174 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
PCDH1Q08174 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
PCDH1Q08174 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
PCDH1Q08174 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
PCDH1Q08174 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
PCDH1Q08174 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
PCDH1Q08174 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
PCDH1Q08174 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
PCDH1Q08174 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
PCDH1Q08174 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
PCDH1Q08174 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
PCDH1Q08174 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
PCDH1Q08174 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
PCDH1Q08174 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
PCDH1Q08174 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
PCDH1Q08174 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
PCDH1Q08174 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCDH1Q08174 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
PCDH1Q08174 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
PCDH1Q08174 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDH1Q08174 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCDH1Q08174 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDH1Q08174 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCDH1Q08174 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDH1Q08174 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDH1Q08174 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDH1Q08174 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCDH1Q08174 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDH1Q08174 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDH1Q08174 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
PCDH1Q08174 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
PCDH1Q08174 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCDH1Q08174 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCDH1Q08174 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDH1Q08174 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.7 ms