Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP3Q9Y6I4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP3Q9Y6I4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP3Q9Y6I4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP3Q9Y6I4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms