Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHMT2P34897 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SHMT2P34897 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT2P34897 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
SHMT2P34897 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms