Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VCX3AQ9NNX9 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.51
VCX3AQ9NNX9 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VCX3AQ9NNX9 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VCX3AQ9NNX9 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCX3AQ9NNX9 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms