Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY72

SCN3B, Sodium channel subunit beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3BQ9NY72 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3BQ9NY72 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN3BQ9NY72 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN3BQ9NY72 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN3BQ9NY72 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN3BQ9NY72 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN3BQ9NY72 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN3BQ9NY72 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN3BQ9NY72 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms