Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
KLHL28Q9NXS3 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
KLHL28Q9NXS3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
KLHL28Q9NXS3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KLHL28Q9NXS3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
KLHL28Q9NXS3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
KLHL28Q9NXS3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms