Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUD5

ZCCHC3, Zinc finger CCHC domain-containing protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZCCHC3Q9NUD5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZCCHC3Q9NUD5 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZCCHC3Q9NUD5 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZCCHC3Q9NUD5 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
ZCCHC3Q9NUD5 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZCCHC3Q9NUD5 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
ZCCHC3Q9NUD5 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
ZCCHC3Q9NUD5 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
ZCCHC3Q9NUD5 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
ZCCHC3Q9NUD5 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
ZCCHC3Q9NUD5 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
ZCCHC3Q9NUD5 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
ZCCHC3Q9NUD5 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
ZCCHC3Q9NUD5 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
ZCCHC3Q9NUD5 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
ZCCHC3Q9NUD5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
ZCCHC3Q9NUD5 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
ZCCHC3Q9NUD5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZCCHC3Q9NUD5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZCCHC3Q9NUD5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57 ms