Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ZNF540Q8NDQ6 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
ZNF540Q8NDQ6 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF540Q8NDQ6 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF540Q8NDQ6 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
ZNF540Q8NDQ6 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF540Q8NDQ6 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
ZNF540Q8NDQ6 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms