Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC34.42■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC34.42■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC34.39■■■■□ 3.1
SYNE4Q8N205 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
SYNE4Q8N205 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
SYNE4Q8N205 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
SYNE4Q8N205 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
SYNE4Q8N205 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
SYNE4Q8N205 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
SYNE4Q8N205 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.21■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
SYNE4Q8N205 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC34.19■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
SYNE4Q8N205 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
SYNE4Q8N205 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC34.06■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC34.05■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC34.05■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
SYNE4Q8N205 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
SYNE4Q8N205 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC33.95■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC33.93■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC33.91■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
SYNE4Q8N205 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms